12世紀末，蒙古部落首領張鐵木真在南宋加泰進行了4年(1204)的戰(zhàn)爭，征服了蒙古另一個勁夫——太陽汗所屬的羅萬夫大眾，統(tǒng)一了蒙古各部大業(yè)。

南宋開禧二年(1206)，各部在鄂嫩河畔舉行大聚會，推舉鐵木真為全蒙古大汗，號“成吉思汗”，建立了也客·忙豁勒·魯思(大蒙古國)。后來在成吉思汗南征攻掠金朝戰(zhàn)爭中，原為金朝版圖之內(nèi)的奈曼地方于成吉思汗八年(1213)被成吉思汗弟左路軍統(tǒng)領合撒兒部占領后蒙古人入居本地游牧。

從此，奈曼地方成為大汗國的領地。傳說，當時居于本地的蒙古人系歸附成吉思汗的乃蠻部落的一部，故此地取名曰“乃蠻”，這是后來的“奈曼”地名的由來。

1260年忽必烈即位執(zhí)政、他在地方設置了十個宣撫司，時奈曼部落歸遼東宣撫司管轄。1271年，依照中原的傳統(tǒng)，忽必烈改“大蒙古國”的國號為“大元”，1276年滅南宋，整個成了元朝的統(tǒng)一天下。

元世祖至元二十四年(1287)，成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤的后裔遼王乃顏勾結(jié)東部諸王，叛于遼東。忽必烈親征平亂，6月大敗叛軍于撒爾都魯(一說在內(nèi)蒙古奈曼旗南)，乃顏敗逃遼河被執(zhí)殺，很快就平息了叛亂。此后，奈曼部落隸屬中書省寧昌路(今遼寧彰武一帶)，直到元末。