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新疆歷史

新疆最原始的稱呼是柱州，古稱西域，意為中國的西部疆域。清統(tǒng)一其地，其北部稱回部、南部稱準(zhǔn)部，合稱回疆，設(shè)伊犁將軍。光緒十年（1884年），清政府正式在新疆設(shè)省，并取“故土新歸”之意，改稱西域為“新疆”。

新疆地處中國西北邊陲，亞歐大陸腹地，自古以來就是中國不可分割的一部分。是古絲綢之路的重要通道。公元前138年，漢武帝派張騫出使西域，西漢政權(quán)與西域各城邦建立了聯(lián)系。公元前60年，西漢政權(quán)在烏壘（今輪臺縣境內(nèi)）設(shè)立西域都護府，自此西域正式列入漢朝版圖。清乾隆后期改稱西域為新疆，1884年正式建立新疆省，省會迪化（今烏魯木齊市）。1949年新疆和平解放，1955年10月1日成立新疆維吾爾自治區(qū)，首府設(shè)在烏魯木齊（蒙古語意為優(yōu)美的牧場）。

新疆自古以來就是一個多民族聚居和多種宗教并存的地區(qū)，從西漢開始成為中國統(tǒng)一的多民族國家不可分割的組成部分。中華人民共和國成立以來，新疆的社會面貌發(fā)生了翻天覆地的變化。

史前時期的新疆

新疆地理位置是處于亞歐大陸中心，它具有特殊性。所以自古以來東西方人種、文化、民族在這兒交匯，是它的基本特點。新疆自古就有人類活動的跡象，為中亞諸多民族活動的場所。新疆最早的居民是屬塞種，后受漢人、突厥人及回鶻人壓力，只分布于中亞，其代表性民族是斯基泰人。他們發(fā)展出發(fā)達的游牧文化。

新疆地區(qū)基本上沒有什么文獻記載，實應(yīng)屬史前時期，所以，新疆地區(qū)的史前文化應(yīng)指漢代以前直至遠古的文化。就考古學(xué)而言，它應(yīng)包括舊石器時代文化、中石器時代文化、新石器時代文化、銅石業(yè)用時代文化、青銅時代文化和早期鐵器時代文化。

在古代歷史上，曾有許多部落、民族在新疆聚居。新疆居民的族屬，從漢代（公元前206年—公元220年）開始才有明確的記載，當(dāng)時主要有：塞、月氏（音：肉支）、烏孫、羌、匈奴和漢人。

塞人，原游牧于東起伊犁河、楚河流域，西抵錫爾河地區(qū)。因被月氏排擠而西遷，一部分退至錫爾河北岸，另一些南下帕米爾，散居各地。

在大約距今二三千年以前的新石器時代，天山南北各地，諸如哈密的三道嶺、七角井、吐魯番盆地的阿斯塔那、烏魯木齊縣的柴窩堡，以及木壘、奇臺、伊犁、庫車、巴楚、且末、于闐、皮山等地都已出現(xiàn)人類祖先活動的遺跡，其石器形制、打刻技術(shù)以及共存的陶器色彩、花紋與中國甘肅、內(nèi)蒙、寧夏等地相近。

新疆各地同中原地區(qū)交往聯(lián)系的歷史源遠流長。中國先秦（前221以前）古籍，諸如《尚書》、《竹書紀(jì)年》、《山海經(jīng)》、《楚辭》中都有關(guān)于古代新疆地理、山川、河流的記載，它從一個側(cè)面反映了當(dāng)時中原人對于新疆的認識和了解。中國先秦時期的古籍《穆天子傳》里記載，周朝（約前11世紀(jì)—前256）統(tǒng)治者周穆王（今新疆境內(nèi)）西巡，這不僅反映了遠古時代中原地區(qū)同新疆經(jīng)濟文化交流的關(guān)系，還證明了聯(lián)系東西方的“絲綢之路”這時已開辟通行。

古代時期

周朝到秦漢時期

周朝和秦朝時期參見：月氏人、烏孫、羌人

月氏人，戰(zhàn)國（公元前475年—公元前221年）時期活動于河西走廊到塔里木盆地的廣大地區(qū)，秦（公元前221年—公元前206年）漢之際最為強盛。公元前176年前后，受匈奴的攻擊，被迫向伊犁河流域遷徙，驅(qū)走那里的塞人而居其地。

烏孫，最初活動于河西走廊。秦末漢初，受月氏人的攻擊而依附于匈奴，后在匈奴的支持下，襲擊月氏人，并將其逐出伊犁河流域。

羌人，最初活動于黃河中上游地區(qū)。春秋（公元前770年—公元前476年）戰(zhàn)國時期，一部分羌人經(jīng)河西走廊，沿祁連山、昆侖山向西遷徙，從而在新疆留下了足跡。匈奴人，主要是在公元前176年前后進入新疆的。

兩漢時期參見：西域三十六國、漢匈百年戰(zhàn)爭、漢朝治疆歷史、西域都護府、西域長史

漢人，是較早進入新疆地區(qū)的民族之一。西漢王朝征服西域是從討伐匈奴開始的。匈奴是秦漢之際在中國北方草原地區(qū)活動的一個實力強盛的游牧民族，初弱，后強盛。漢朝對北方地區(qū)，包括西域的統(tǒng)一管轄，結(jié)束了該地區(qū)長期以來諸游牧部落不相統(tǒng)屬的分割局面，為后來全國性的統(tǒng)一局面形成創(chuàng)造了條件。

古代西域路線

漢武帝劉徹為了打敗匈奴，鞏固其統(tǒng)治，決定“通西域，以斷匈奴右臂，隔絕南羌，月氏”。為此他先派張騫兩度出使西域，以加強同西域諸地的聯(lián)系，共同對付匈奴。張騫西使加深了中國對西域的了解，密切了兩地之間政治、經(jīng)濟聯(lián)系，擴大了漢朝在西域諸地的政治影響，為漢朝征服西域創(chuàng)造了條件。

公元前121年，漢軍大敗駐牧在河西走廊一帶的匈奴軍隊，漢朝在此先后置武威、張掖、酒泉、敦煌四郡。

漢武帝又命李廣利于太初元年（前104年）、三年兩伐大宛（在今中亞費爾干納盆地），使西域的許多城國相繼臣服于漢。前102年，漢軍攻破大宛城（今費爾干納），漢朝在西域各國中的威望大增。前101年，漢朝在在天山南部的輪臺、渠犁等地駐兵數(shù)百人進行屯田，并設(shè)“使者校尉”地方官員統(tǒng)領(lǐng)之，后“使者校尉”改稱“護鄯善以西使者”。

西漢同匈奴的戰(zhàn)爭和張騫出使西域

公元前60年，西漢中央政權(quán)在烏壘城（今輪臺縣境內(nèi)）設(shè)立了“西域都護府”，新疆正式成為中國領(lǐng)土的一部分。以后，或為官、或從軍、或經(jīng)商，進入新疆的漢人連續(xù)不斷。

因匈奴內(nèi)爭，其主管西域的日逐王先賢撣率萬余眾降漢，漢使護鄯善以西使者鄭吉迎之，匈奴在西域的統(tǒng)治力量隨之瓦解。于是漢廷使護鄯善以西南道諸地的鄭吉“并護（車師以西）北道，故號曰都護”。西域都護是西漢政府在西域設(shè)置的最高軍政機構(gòu)，治烏壘城（今新疆輪臺東北），“鎮(zhèn)撫諸國，誅伐懷集之”，并“督察烏孫（在今新疆伊犁河流域）、康居（在今哈薩克斯坦境內(nèi)巴爾喀什湖與咸海之間）諸外國動靜，有變以聞，可安輯安輯之，可擊擊之”。

西漢時期，隨著東西方經(jīng)濟文化的交流傳播，極大地帶動促進了西域社會經(jīng)濟的進一步發(fā)展。西域的農(nóng)作物胡麻、蠶豆、石榴、大蒜、葡萄、苜蓿等相繼傳入內(nèi)地，被譽作“天馬”的大宛馬、烏孫馬、各種毛皮也通過“絲綢之路”源源不斷地進入到中原地區(qū)。同時，中原地區(qū)的絲綢和絲織品也傳入西域并經(jīng)此西傳歐洲。此外，伴隨著屯田士兵而傳入西域的還有先進的生產(chǎn)工具和農(nóng)業(yè)經(jīng)驗，如鐵鏵、鐵鋤等鐵制農(nóng)具及代田法，還有掘井技術(shù)和冶鐵技術(shù)等。

絲綢之路

西漢末，外戚作亂，王莽篡權(quán)，內(nèi)地政局不穩(wěn)天山南北各地復(fù)陷入分裂割據(jù)狀態(tài)。

東漢初年，匈奴南下，重新統(tǒng)治了西域各地。公元73年，東漢王朝派遣大軍攻伐北匈奴，其中漢將竇固、耿忠等率部出酒泉，于天山一帶擊敗匈奴呼衍王部，占據(jù)伊吾（今哈密市）。同時，竇固部將、時任假司馬的班超受命順天山南麓西行收復(fù)失地，班超在西域各地人民幫助下，南征北戰(zhàn)，有力地穩(wěn)定了西域的政治局勢，后受封為西域都護“定遠侯”。班超在任期間，還派甘英等人于公元97年出使大秦（東羅馬帝國），其使團足跡曾抵達波斯灣，使東西方之間的交往聯(lián)系得到進一步發(fā)展。

魏晉南北朝

魏晉時期參見：高昌、后涼

魏晉南北朝（公元220年—公元589年）時期，是中國民族大融合時期，各民族遷徙往來頻繁，又有許多古代民族進入新疆，如柔然、高車、噠、吐谷（音：玉）渾等。

魏黃初三年（222年），魏繼承漢制領(lǐng)護西域，在伊吾（哈密）置宜禾都尉，在高昌（吐魯番）設(shè)“戊己校尉”， 在車師后部賜其王守（署理）侍中官職，號大都尉，后又置西域長史管理西域各民族。

265年，司馬炎代曹魏建立西晉，在西域設(shè)立了戊己校尉和西域長史等管理機構(gòu)。東晉咸和二年（327年），割據(jù)河西的前涼張駿攻取伊吾，劃屬敦煌郡，以參軍索孚為伊吾都尉。咸和四年設(shè)立高昌郡，隸屬沙洲（今敦煌），此為高昌按內(nèi)地行政設(shè)官之始。永和元年（345年）征服焉耆，張駿還派軍隊伐龜茲、鄯善、于闐，中央集權(quán)在西域地區(qū)進一步鞏固。

東晉太元八年（383年）前秦將軍呂光受命率7萬余眾討平西域。苻堅淝水之戰(zhàn)兵敗后前秦瓦解，呂光據(jù)有姑臧（今甘肅武威）于太元十一年（386年）稱大將軍、涼州牧。太元十四年（389年）呂光稱三河王，后改稱天王，史稱后涼。統(tǒng)治范圍包括甘肅西部和寧夏、青海、新疆一部分。

另外十六國時期維吾爾人祖先丁零人翟遼在今天河南黃河南岸建立的政權(quán)國號魏，史稱翟魏，392年為后燕慕容垂所滅。這些政權(quán)都試圖保持對新疆諸藩的控制。最終鮮卑的北魏重新統(tǒng)一中國北方，控制了今天新疆東南的一部分。疏勒、于闐、龜茲和且末等政權(quán)控制了西部，而中央吐魯番附近則被北涼的延續(xù)者高昌所統(tǒng)治。

東晉隆安四年（400年），河西李皓占據(jù)敦煌。西涼建立不久，駐軍玉門、陽關(guān)以西諸城，控制西域。

南北朝時期參見：柔然、高車

柔然，是北方草原古老民族東胡人（中國古族名）后裔，五世紀(jì)初興起于蒙古草原，公元402年建立了強大政權(quán)，同北魏爭奪西域。[4] 太平真君三年（442年），北魏滅北涼，西域諸國降附北魏，高昌王麴嘉及其子孫多次受北魏冊封。太延元年至末年（435—439年），西域各國遣使向中原朝貢，使臣連年不斷。隨著北魏勢力進一步擴大，太和十二年（488年），北魏置伊吾郡。

永熙三年（534年），北魏分裂為東魏、西魏，后被北齊、北周取代。中央王朝不再控制西域。

高車，亦稱敕勒、鐵勒，最初游牧于貝加爾湖及鄂爾渾河、土拉河流域。公元487年，高車副伏羅部首領(lǐng)阿伏至羅與其弟窮奇率所屬十余萬部落（戶）西遷， 在車師前部（今吐魯番交河故城）西北建立高車國。（本字無法顯示：“口+厭”）噠，起于塞北（古指長城以北地區(qū)），五世紀(jì)末東進塔里木盆地，南攻月氏，建立政權(quán)，并越過帕米爾高原，曾一度控制南疆部分地區(qū)。吐谷渾源于鮮卑（中國古族名），四世紀(jì)初自遼東（泛指遼河以東地區(qū)）西遷，逐漸控制了今甘南（甘肅南部地區(qū)）、四川和青海地區(qū)的氐（中國古族名）、羌等民族，建立政權(quán)。

南北朝末期，西域出現(xiàn)了社會大動蕩和民族大融合的局面。5世紀(jì)末，吐谷渾和柔然開始分別侵入新疆南部和北部，中原政權(quán)（北朝）逐漸喪失對此地的控制。

隋唐時期

隋朝時期參見：突厥、西突厥、吐蕃

隋唐時期（公元581年—公元906年），中央政府加強對新疆的統(tǒng)治。突厥、吐蕃等古代民族對新疆歷史進程產(chǎn)生了重要影響。突厥是公元六世紀(jì)到八世紀(jì)活躍于中國西北和北方草原的古代游牧民族。公元552年突厥首領(lǐng)土門打敗柔然，以漠北（蒙古高原大沙漠以北地區(qū)）為中心建立了西至咸海、東抵大興安嶺、橫亙中亞的突厥汗國，統(tǒng)一了西域。583年突厥分裂為東西二部，為爭奪汗權(quán)爭斗不休，新疆屬西突厥。

隋朝統(tǒng)一中原，隋煬帝即位之初，就派遣吏部侍郎裴矩到張掖、武威主管與西域的互市，了解西域民情， 隋朝從突厥人手中奪取了西域東部，又滅吐谷渾，公元608年，隋軍進駐伊吾，建筑城郭，設(shè)鄯善（今若羌）、且末（今且末西南）、伊吾（今哈密境內(nèi)）三郡。把行政區(qū)擴大到今若羌、且末和青海湖西、興?？h東一帶。大業(yè)五年，煬帝巡幸河西，高昌王麴伯雅等27國首領(lǐng)使者，到張掖覲見，盛況空前。大業(yè)六年，設(shè)立鄯善（今若羌）、且末、伊吾三郡，在伊吾城之東北設(shè)柔遠鎮(zhèn)。開始之后中原王朝經(jīng)營西域。

唐朝時期參見：唐朝治疆歷史、安西都護府、北庭都護府、喀喇汗王朝、高昌回鶻、回鶻

公元七世紀(jì)初，唐朝代隋而興。公元630年，原屬西突厥的伊吾城（今哈密）主率所屬七城歸順唐朝，唐朝設(shè)西伊州（后改稱伊州）。

公元640年，唐朝發(fā)兵攻下了高昌城，于該地置西州，又于可汗浮圖城（今吉木薩爾）設(shè)庭州；同年在高昌設(shè)安西都護府，后遷至庫車，改置為安西大都護府。統(tǒng)安西四鎮(zhèn)：龜茲、疏勒、于闐、碎葉（今吉爾吉斯斯坦的托克馬克市），轄境相當(dāng)今新疆及哈薩克東部、吉爾吉斯北部楚河流域。自顯慶元年（656年）至麟德元年（664年），這期間，是武則天為皇后輔佐高宗到垂簾聽政階段。在之后的二十年間，唐軍發(fā)動了對西突厥的一系列遠征，唐高宗發(fā)大軍分南北兩道進攻西突厥，一舉滅掉了西突厥，在657年西突厥徹底投降，西突厥領(lǐng)土全部為唐所有。顯慶、龍朔年間（661-663年），唐軍平定西突厥，轄區(qū)擴大至今阿爾泰山西至咸海及蔥嶺的東西各部直至阿姆河兩岸城的諸城邦國包括今新疆大部分。670年安西四鎮(zhèn)被吐蕃攻占，693年武周再次占領(lǐng)。唐朝咸亨元年（670年），安西都護府治所移至碎葉城。

唐朝疆域時期的新疆

唐朝打敗西突厥后，統(tǒng)一了西域各地，公元702年，唐朝又在北庭（現(xiàn)吉木薩爾）設(shè)立了北庭都護府，管轄天山以北地區(qū)。后又升為北庭大都護府，管理天山北麓及新疆東部地區(qū)的軍政事務(wù)，而安西大都護府管理天山南部和蔥嶺以西的廣大地區(qū)。

吐蕃是藏族的祖先，六世紀(jì)末興起于青藏高原，占領(lǐng)青海后，開始與唐朝爭奪西域。唐朝中后期，吐蕃政權(quán)加緊了對西域的進攻，一度占領(lǐng)了新疆大部分地區(qū)，由于回鶻汗國的西遷，866年吐蕃最終退出了西域。840年，回鶻由蒙古高原西遷而來，建立了以吐魯番為中心的西州回鶻政權(quán)和以喀什噶爾為中心的喀喇汗王朝，這兩個王朝與當(dāng)時的于闐王國共同組成了西域地區(qū)三個并立的政權(quán)。

安西都護府和北庭都護府

唐玄宗年間（公元712年—公元756年在位），唐朝又在兩大都護府之上設(shè)“磧西節(jié)度使”，是當(dāng)時全國八大節(jié)度使之一。

公元755年，中原地區(qū)爆發(fā)“安史之亂”（唐代安祿山、史思明發(fā)動的叛亂），大批駐守西域的唐軍調(diào)往內(nèi)地，吐蕃乘機占領(lǐng)南疆及北疆部分地區(qū)。八世紀(jì)中葉，東、西突厥汗國相繼滅亡，其后裔融入了其他民族之中。

公元840年，大批回鶻人進入新疆。回鶻，原稱回紇，是鐵勒（中國古族名）諸部之一。最初活動于色楞格河和鄂爾渾河流域，后遷居土拉河北。公元744年，發(fā)展壯大了的回鶻于漠北建立政權(quán)，并兩次出兵幫助唐朝中央政權(quán)平息“安史之亂”。公元840年，回鶻汗國因自然災(zāi)害侵襲、統(tǒng)治集團內(nèi)訌及黠戛斯（中國古族名）的進攻等原因而崩潰，其部眾大部分向西遷徙。其中一支遷往今吉木薩爾和吐魯番地區(qū)，后建立高昌回鶻王國；還有一支遷往中亞草原，分布在中亞至喀什一帶，與葛邏祿、樣磨等民族一起建立了喀喇汗王朝。自此，塔里木盆地周圍地區(qū)受高昌回鶻王國和喀喇汗王朝統(tǒng)治，當(dāng)?shù)氐木用窈臀鬟w后的回鶻互相融合，這就為后來維吾爾族的形成奠定了基礎(chǔ)。

唐朝中央政府對西域各地實行的是藩漢分別管理制度，即在漢民集中居住的伊州、西州和庭州等地，行政上采用與內(nèi)地一樣的府、州、縣、鄉(xiāng)、里管理制度；經(jīng)濟上推行“均田制”（唐朝田制）與“租庸調(diào)制”（唐朝賦稅制度）；軍事上實行“府兵制”（唐朝軍事制度）。非漢民聚居區(qū)，則設(shè)置“羈縻府州”，即繼續(xù)維護當(dāng)?shù)乇久褡迨最I(lǐng)的行政管理制度，冠以唐朝都護、都督、州剌史的名號，允其以舊俗治理其部眾。

五代時期

參見：高昌、黑汗王朝、喀喇汗王朝、于闐

9世紀(jì)中葉后，吐蕃和回鶻都衰落下來，這一地區(qū)進入混戰(zhàn)時期。9世紀(jì)之后的中原王朝無暇顧及西域，西域出現(xiàn)了幾個國家并列存在的局面。其中主要有高昌、黑汗王朝和于闐等地方政權(quán)。840年漠北回鶻汗國覆滅高昌與喀喇汗王朝后，由西遷西域的回鶻人匯同其他操突厥語諸族建立地方政權(quán)。于闐是古老的塞人居地。唐亡后，于闐尉遲王族執(zhí)政，與中原地區(qū)往來密切，因曾受過唐朝冊封而自稱李姓。

高昌回鶻王朝的王室寺廟遺址

九世紀(jì)末十世紀(jì)初，伊斯蘭教經(jīng)中亞傳入新疆南部地區(qū)。十世紀(jì)中葉，信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝發(fā)動了對于闐佛教王國歷時四十余年的宗教戰(zhàn)爭，于十一世紀(jì)初滅亡于闐，把伊斯蘭教推行到和闐地區(qū)。十四世紀(jì)中葉起，在察合臺汗國（蒙古成吉思汗二子察合臺在西域建立的藩屬國）的強制推行下，伊斯蘭教逐漸成為察合臺汗國的蒙古人、維吾爾人、哈薩克人、柯爾克孜人、塔吉克人等信仰的主要宗教。十六世紀(jì)初，伊斯蘭教最終取代佛教成為新疆的主要宗教。

宋元時期

參見：西遼、察合臺汗國、葉爾羌汗國、窩闊臺汗國、察合臺汗國、準(zhǔn)噶爾汗國

兩宋時期黑汗王朝在10世紀(jì)和11世紀(jì)控制今新疆西部，同一時期回鶻的一支在新疆中部定居。

新疆出土的以宋朝傳奇故事題材為圖案的銅鏡

回鶻人落居西域及其建立的這些地方政權(quán)與中原王朝關(guān)系十分密切，喀喇汗王朝的統(tǒng)治者就自稱“桃花石汗”，意即“中國之汗”，表示自己是屬于中國的。1009年，占領(lǐng)于闐地區(qū)的喀喇汗王朝派出使臣向北宋進獻方物。1063年，北宋冊封喀喇汗王朝可汗為“歸忠保順（本字無法顯示：“石+后”）鱗黑韓王”。北宋建立后第三年，高昌回鶻就派遣使者42人前往北宋進貢方物。

于闐系塞人居地。唐朝以后，于闐尉遲王族執(zhí)政，與中原地區(qū)往來密切，因曾受過唐朝冊封而自稱李姓。公元938年，后晉高祖遣張匡鄴、高居誨出使于闐，封李圣天為“大寶于闐國王”。北宋初，于闐使臣、僧人向宋朝進貢不斷。

西遼時期參見：西遼

1124年，遼朝皇族耶律大石率眾西遷，征服新疆地區(qū)， 在占據(jù)西州回鶻和黑汗國舊地后，向西擴展到阿姆河流域。1132年先后征服了西州回鶻政權(quán)、喀喇汗王朝、闐王國三個地方政權(quán)，統(tǒng)一了西域建立建立西遼政權(quán)，一批契丹人（中國古族名）由此進入新疆。西遼政權(quán)，一稱“喀喇契丹”，“喀喇”意為“黑”，故漢文又稱“黑契丹”。西遼成為中亞霸主后，當(dāng)?shù)乇姸嗖孔宄蔀槠涓接?。耶律大石仍沿用遼朝政治制度管理政事，倡行漢儒文化，篤信佛教，但是不排斥其他宗教，賦稅較輕。因而，這一時期，中原漢文化在中亞一度獲得光大，“契丹”這一名稱時至今日仍是中亞、西亞及歐洲部分語言稱呼中國的代名詞。

蒙元時期元朝時期成吉思汗完成對天山南北的政治統(tǒng)一。十三世紀(jì)初，成吉思汗率軍進入新疆后，擊敗了西遼，統(tǒng)一了西域地區(qū)。把他征服的地方分封給其子孫。西域大部分地區(qū)為成吉思汗次子察合臺的封地即察合臺汗國。另外元朝在今伊犁河流域曾設(shè)置阿里麻里（阿力麻里）行省，但不久就并入察合臺汗國。又在阿姆河南岸曾設(shè)立行省，后并入伊利汗國。今烏魯木齊一帶曾設(shè)置別失八里行省，后一度被察合臺汗國占據(jù)，后期重新成為元朝的轄地。

成吉思汗西征下的新疆

回鶻人進一步同化、融合了部分契丹人、蒙古人。1271年忽必烈建立了元朝，西域統(tǒng)歸元朝政府管理。

蒙古汗最初設(shè)立“達魯花赤”（蒙古官名，意為鎮(zhèn)守官）、“別失八里等處行尚書省”等軍政管理機構(gòu)，對西域進行軍政管轄。元朝建立后，在發(fā)展西域各地社會經(jīng)濟的同時，在吐魯番地區(qū)設(shè)立提刑按察司，以后，又在吐魯番等地建立交鈔提舉司（印鈔機構(gòu)）和交鈔庫等機構(gòu)，設(shè)置“別失八里元帥府”以總管派往該地的“新附兵”（元朝以俘降的南宋士卒組成的軍隊）屯墾事務(wù)，派兵到和闐、且末等地屯田，在別失八里設(shè)立冶場“鼓鑄農(nóng)具”。在畏兀兒（元朝稱回鶻為“畏兀兒”）地區(qū)實行“計畝輸稅”。

明清時期

明朝時期參見：瓦剌、俄力思軍民元帥府、哈密衛(wèi)

14世紀(jì)下半葉，明朝建立時在西域處于退縮狀態(tài)，在今克什米爾東北和藏西設(shè)置俄力思軍民元帥府；1406年， 又設(shè)立哈密衛(wèi)，任用當(dāng)?shù)厥雷迨最I(lǐng)為各級官吏統(tǒng)轄當(dāng)?shù)剀娬乱?，維持商貿(mào)通道安全，對西域地區(qū)實施羈縻控制。

明朝疆域時期的新疆

而此時的西域地區(qū)并存東察合臺國、吐魯番王國、葉爾羌汗國、哈密王國、瓦刺汗國等政權(quán)，均為蒙古貴族后裔，其中以東察合臺國最為強大。明朝政府為了統(tǒng)轄西域管理，特在哈密設(shè)衛(wèi)，哈密衛(wèi)作為明朝政府管理西域地區(qū)的最高行政和軍事機構(gòu)起著一定的作用。

洪武三年（1370年）察合臺汗國滅亡后其后裔建別失八里，都城在別失八里（今吉木薩爾北破城子），永樂十六年（1418年）遷都亦力把里（今伊寧）。15世紀(jì)中葉，吐魯番部強大，1472年，哈密等衛(wèi)所一度被吐魯番攻破，諸衛(wèi)內(nèi)遷，后復(fù)，1514年再度被并，15世紀(jì)后半期后，西北諸衛(wèi)全部喪失，明朝最后放棄新疆，退守嘉峪關(guān)。明朝中葉，東察合臺汗國演變?yōu)槿~爾羌汗國。

瓦剌，是明代對漠西蒙古的總稱，初分布于葉尼塞河上游地區(qū)，后不斷向額爾齊斯河中游、伊犁河流域擴展。十七世紀(jì)初，逐漸形成了準(zhǔn)噶爾、杜爾伯特、和碩特、土爾扈特四部。十七世紀(jì)七十年代，準(zhǔn)噶爾占據(jù)伊犁河流域，成為四部之主，并統(tǒng)治南疆。

清朝時期參見：和卓、清朝治疆歷史、回疆、準(zhǔn)噶爾、大小和卓叛亂

清朝初年，西域為蒙古準(zhǔn)葛爾部所統(tǒng)治，其首領(lǐng)為噶爾丹，他利用武力兼并了蒙古和碩部和厄魯特部，并把土爾扈特部排擠到了俄國的伏爾加河流域。

清前期鞏固西北形式

18世紀(jì)初，準(zhǔn)葛爾貴族乘機作亂，乾隆皇帝于1755年派出平叛大軍，最后徹底消滅了準(zhǔn)葛爾汗國，統(tǒng)一了西域。乾隆帝把這片土地命名為“新疆”，取因“故土新歸”之意。

準(zhǔn)葛爾平定后，穆斯林教派的頭面人物伊敏和依沙克，史稱“大小和卓”于1757年又在庫車成立了“巴圖爾汗國”公開與清政府抗衡，分裂中國。1760年清政府派兵直搗大小和卓的大本營葉爾羌和喀什噶爾，再次平定了這次叛亂，統(tǒng)一新疆。從此完全確立了清朝對新疆的穩(wěn)固統(tǒng)治，回部之前在準(zhǔn)噶爾暴力統(tǒng)治之下。而準(zhǔn)噶爾部被滅族也直接導(dǎo)致新疆及中亞部分完全伊斯蘭化。

1762年設(shè)立的“伊犁將軍”統(tǒng)一行使對天山南北各地的軍政管轄，官府駐地在“惠遠城”（今霍城縣境），分設(shè)都統(tǒng)、參贊、辦事、領(lǐng)隊大臣管理各地軍政事務(wù)。清朝政府依據(jù)“因地制宜”、“因俗施治”的原則，對天山北部漢、回族居住區(qū)實行郡縣制管理；在伊犁地區(qū)和天山南部各地維吾爾族中維持當(dāng)?shù)氐摹安酥啤?，但是伯克（突厥語音譯，地方官吏稱號）的任免權(quán)歸于中央，并嚴(yán)格實行政教分離；對蒙古族和哈密、吐魯番地區(qū)的維吾爾族則實行“扎薩克（蒙古語音譯，意為支配者）制”，即冊封王、貝子、公等世襲爵位。清朝政府在官員的任用方面還采取了以滿族為主、各族官員并用的政策；經(jīng)濟方面，推行以農(nóng)業(yè)為主，農(nóng)牧并舉的經(jīng)濟措施，采取減輕賦稅，確定財政定額補貼制度等。清朝統(tǒng)治時期，新疆的社會經(jīng)濟得到了穩(wěn)步的發(fā)展。

清朝疆域時期的新疆

1771年流放在伏爾加河流域的蒙古土爾扈特部落在其首領(lǐng)渥巴錫的帶領(lǐng)下，歷經(jīng)八個月的磨難回到了中國，結(jié)束了長達近一個半世紀(jì)的流亡生活。

1755—1757年，清朝統(tǒng)一西北地區(qū)，解除了哈薩克汗國來自準(zhǔn)噶爾貴族的威脅。大、中、小三個玉茲，曾先后表示歸順清朝，部分牧民遷回阿勒泰、塔城、伊犁地區(qū)放牧。清朝平定準(zhǔn)噶爾后，要求歸附的不僅僅是哈薩克和布魯特，蔥嶺以西的各部落，如浩罕、今新疆西部的巴達克山、帕米爾、布哈爾、山克、塔什干、愛烏罕（阿富汗）等紛紛表示歸附。

清代的紀(jì)功碑

十八世紀(jì)六十年代以后，清朝政府為進一步加強新疆邊防，從東北陸續(xù)抽調(diào)滿、錫伯、索倫（達斡爾）等族官兵駐防新疆，他們成為新疆少數(shù)民族中的新成員。以后，又有俄羅斯、塔塔爾等民族移居新疆。至十九世紀(jì)末，新疆已有維吾爾、漢、哈薩克、蒙古、回、柯爾克孜、滿、錫伯、塔吉克、達斡爾、烏孜別克、塔塔爾、俄羅斯共13個民族，以維吾爾族為主體，形成了新的多民族聚居分布格局。

1820年到1828年，大和卓之孫張格爾在浩罕封建統(tǒng)治者與英國殖民者慫恿支持下，3次潛入南疆發(fā)動叛亂。

近代時期

晚清時期

西方勢力的介入沙俄是最早覬覦新疆的西方勢力之一。16世紀(jì)沙皇俄羅斯侵入西伯利亞。完成對西伯利亞的擴張之后，開始蠶食侵占中國領(lǐng)土。19世紀(jì)中葉，俄羅斯帝國威脅清朝的整個北部邊境。鴉片戰(zhàn)爭后，由于清政府無暇西顧，沙俄乘機對中國國新疆地區(qū)進行了大肆的蠶食，1860年到1851年前，沙俄迫使清政府簽訂喪權(quán)辱國的《中俄北京條約》《中俄勘分西北界約訂》《中俄伊犁塔爾巴哈臺通商章程》。他們通過武裝移民，建立軍事?lián)c和科學(xué)考察以及簽定不平等的條約等手段，非法侵占了中國西部領(lǐng)土44萬多平方公里。這時以阿古柏為首的中亞浩罕國在英、俄帝國主義的支持下，于1865年入侵新疆，他們首先進入喀什噶爾，并迅速占領(lǐng)了葉爾羌、和田、阿克蘇、庫車等七個城市，成立了“哲德沙爾政權(quán)”。統(tǒng)治新疆絕大部分地區(qū)達6年。1871年，沙皇俄國也乘機侵占包括固勒扎城（伊寧市）在內(nèi)的伊犁河谷，當(dāng)時清朝在新疆只剩下塔城等少數(shù)據(jù)點。

同治回亂參見：同治陜甘回變、同治新疆回亂

在沙俄勢力介入的同時，在1862年至1873年，在中國陜西、甘肅爆發(fā)的一次境內(nèi)的穆斯林對漢族之間的仇殺。它維持了十年多，波及陜西、甘肅、寧夏、青海和新疆等地區(qū)，最后被以漢人湘軍為主的清朝軍隊鎮(zhèn)壓。而同治回亂的很多穆斯林首領(lǐng)也退到新疆，或借道新疆逃往俄羅斯。

收復(fù)新疆參見：清軍收復(fù)新疆之戰(zhàn)

為了維護中國統(tǒng)一，清政府以左宗棠為首的塞防派，力主收復(fù)新疆，1875年，清朝陜甘總督左宗棠就任欽差大臣，督辦新疆事務(wù)，并于同年率八萬大軍進軍新疆。到1877年底，清軍陸續(xù)收復(fù)了中亞浩罕汗國阿古柏侵占的天山南北諸地，史稱“清軍收復(fù)新疆之戰(zhàn)”。其后沙俄又借口伊犁農(nóng)民起義和阿古柏勢力威脅到俄國安全，打著保護和代守的旗號，公然出兵占領(lǐng)伊犁。新疆面臨為外國瓜分侵占的危險。

1878年終于收復(fù)了除伊犁地區(qū)以外的全部新疆領(lǐng)土。中俄《伊犁改訂條約》簽定后，清政府收回了被沙俄占領(lǐng)長達11年之久的伊犁地區(qū)和大部分領(lǐng)土，但霍爾果斯以西的一萬多平方公里的土地仍歸俄國所有，并且留下了一個的“帕米爾問題”。

新疆建省為了使新疆達到長治久安的目的，在左宗堂的積極倡導(dǎo)下，新疆于光緒十年（1884年），清政府發(fā)布新疆建省上諭，正式建省，劉錦棠被任命為首任新疆巡撫。實行與中國本部18省一樣的行政制度，由巡撫統(tǒng)管全疆各項軍政事務(wù)，省會也由伊犁遷至烏魯木齊迪化城，全疆分為四道（鎮(zhèn)迪道、阿克蘇道、喀什噶爾道、伊塔道）道以下設(shè)6府、10廳、3州、21個縣，2個分縣。伊犁將軍不再總統(tǒng)全疆軍政事務(wù)之責(zé)，駐軍制度與內(nèi)地各省基本一致。新疆行政建置與內(nèi)地完全一致。新疆建省，是清朝政府對歷朝各代治理新疆的一次重大改革。

光緒七年二月，清政府使臣曾紀(jì)澤（曾國藩之子）經(jīng)過與沙俄艱苦的外交斗爭，幾經(jīng)周折，終于達成《中俄伊犁條約》，條約議定次年沙俄軍隊撤出伊犁，中國以賠款和允許俄商在新疆貿(mào)易不納稅，俄國在嘉峪關(guān)和吐魯番設(shè)領(lǐng)事作為代價。1882年，中國收回伊犁。

中俄邊界摩擦1885年，沙俄吞并中亞大部分地區(qū)，盜走乾隆御界限碑。隨后，俄國人又炮制了“帕米爾乃浩罕遺產(chǎn)”的說法，妄圖強占該地。1892年，俄國不顧清軍在此已增設(shè)哨所而大舉南侵，強占了中國清朝新疆西南薩雷闊勒嶺以西兩萬多平方公里的領(lǐng)土。其實中國與中亞國家的邊界問題，其最根本的源由就是清后期與沙俄簽定的一系列割地賠款的不平等條約中遺留下的。1880年代左宗棠抬棺率兵收復(fù)整個新疆，清朝和沙俄簽定邊界協(xié)議，按協(xié)議是山口往南的垂直直線劃線，后來沙俄在原有割地基礎(chǔ)上又侵占2.8萬多，一直不還。

十月革命后，列寧曾稱要歸還不平等條約中侵占的一切中國領(lǐng)土，但是1921年蘇聯(lián)紅軍進入中國唐努烏梁海地區(qū)，8月13日，唐努烏梁海宣布“獨立”。1944年10月13日，正式改名為“圖瓦蘇維埃社會主義自治共和國”。17萬平方公里土地成為蘇聯(lián)領(lǐng)土。

而不包含在條約中的被占領(lǐng)土也就一直懸而未決。根據(jù)《中俄伊犁條約》而簽訂的《中俄續(xù)勘喀什噶爾界約》，將帕米爾西部割讓給沙俄（見沙俄侵占帕米爾事件）。二十一年沙俄又在英國默許下，違約侵占薩雷闊勒嶺以西中國領(lǐng)土。清政府對此提出了多次抗議，沙俄從此也就不再理會，一直霸占該地。但以后歷屆中國中央政府都不承認。