絲綢之路
西漢末，外戚作亂，王莽篡權(quán)，內(nèi)地政局不穩(wěn)天山南北各地復(fù)陷入分裂割據(jù)狀態(tài)。
東漢初年，匈奴南下，重新統(tǒng)治了西域各地。公元73年，東漢王朝派遣大軍攻伐北匈奴，其中漢將竇固、耿忠等率部出酒泉，于天山一帶擊敗匈奴呼衍王部，占據(jù)伊吾（今哈密市）。同時(shí)，竇固部將、時(shí)任假司馬的班超受命順天山南麓西行收復(fù)失地，班超在西域各地人民幫助下，南征北戰(zhàn)，有力地穩(wěn)定了西域的政治局勢(shì)，后受封為西域都護(hù)“定遠(yuǎn)侯”。班超在任期間，還派甘英等人于公元97年出使大秦（東羅馬帝國(guó)），其使團(tuán)足跡曾抵達(dá)波斯灣，使東西方之間的交往聯(lián)系得到進(jìn)一步發(fā)展。
魏晉南北朝
魏晉時(shí)期參見：高昌、后涼
魏晉南北朝（公元220年—公元589年）時(shí)期，是中國(guó)民族大融合時(shí)期，各民族遷徙往來頻繁，又有許多古代民族進(jìn)入新疆，如柔然、高車、噠、吐谷（音：玉）渾等。
魏黃初三年（222年），魏繼承漢制領(lǐng)護(hù)西域，在伊吾（哈密）置宜禾都尉，在高昌（吐魯番）設(shè)“戊己校尉”， 在車師后部賜其王守（署理）侍中官職，號(hào)大都尉，后又置西域長(zhǎng)史管理西域各民族。
265年，司馬炎代曹魏建立西晉，在西域設(shè)立了戊己校尉和西域長(zhǎng)史等管理機(jī)構(gòu)。東晉咸和二年（327年），割據(jù)河西的前涼張駿攻取伊吾，劃屬敦煌郡，以參軍索孚為伊吾都尉。咸和四年設(shè)立高昌郡，隸屬沙洲（今敦煌），此為高昌按內(nèi)地行政設(shè)官之始。永和元年（345年）征服焉耆，張駿還派軍隊(duì)伐龜茲、鄯善、于闐，中央集權(quán)在西域地區(qū)進(jìn)一步鞏固。
東晉太元八年（383年）前秦將軍呂光受命率7萬余眾討平西域。苻堅(jiān)淝水之戰(zhàn)兵敗后前秦瓦解，呂光據(jù)有姑臧（今甘肅武威）于太元十一年（386年）稱大將軍、涼州牧。太元十四年（389年）呂光稱三河王，后改稱天王，史稱后涼。統(tǒng)治范圍包括甘肅西部和寧夏、青海、新疆一部分。
另外十六國(guó)時(shí)期維吾爾人祖先丁零人翟遼在今天河南黃河南岸建立的政權(quán)國(guó)號(hào)魏，史稱翟魏，392年為后燕慕容垂所滅。這些政權(quán)都試圖保持對(duì)新疆諸藩的控制。最終鮮卑的北魏重新統(tǒng)一中國(guó)北方，控制了今天新疆東南的一部分。疏勒、于闐、龜茲和且末等政權(quán)控制了西部，而中央吐魯番附近則被北涼的延續(xù)者高昌所統(tǒng)治。
東晉隆安四年（400年），河西李皓占據(jù)敦煌。西涼建立不久，駐軍玉門、陽(yáng)關(guān)以西諸城，控制西域。
南北朝時(shí)期參見：柔然、高車
柔然，是北方草原古老民族東胡人（中國(guó)古族名）后裔，五世紀(jì)初興起于蒙古草原，公元402年建立了強(qiáng)大政權(quán)，同北魏爭(zhēng)奪西域。[4] 太平真君三年（442年），北魏滅北涼，西域諸國(guó)降附北魏，高昌王麴嘉及其子孫多次受北魏冊(cè)封。太延元年至末年（435—439年），西域各國(guó)遣使向中原朝貢，使臣連年不斷。隨著北魏勢(shì)力進(jìn)一步擴(kuò)大，太和十二年（488年），北魏置伊吾郡。
永熙三年（534年），北魏分裂為東魏、西魏，后被北齊、北周取代。中央王朝不再控制西域。
高車，亦稱敕勒、鐵勒，最初游牧于貝加爾湖及鄂爾渾河、土拉河流域。公元487年，高車副伏羅部首領(lǐng)阿伏至羅與其弟窮奇率所屬十余萬部落（戶）西遷， 在車師前部（今吐魯番交河故城）西北建立高車國(guó)。（本字無法顯示：“口+厭”）噠，起于塞北（古指長(zhǎng)城以北地區(qū)），五世紀(jì)末東進(jìn)塔里木盆地，南攻月氏，建立政權(quán)，并越過帕米爾高原，曾一度控制南疆部分地區(qū)。吐谷渾源于鮮卑（中國(guó)古族名），四世紀(jì)初自遼東（泛指遼河以東地區(qū)）西遷，逐漸控制了今甘南（甘肅南部地區(qū)）、四川和青海地區(qū)的氐（中國(guó)古族名）、羌等民族，建立政權(quán)。
南北朝末期，西域出現(xiàn)了社會(huì)大動(dòng)蕩和民族大融合的局面。5世紀(jì)末，吐谷渾和柔然開始分別侵入新疆南部和北部，中原政權(quán)（北朝）逐漸喪失對(duì)此地的控制。
隋唐時(shí)期
隋朝時(shí)期參見：突厥、西突厥、吐蕃
隋唐時(shí)期（公元581年—公元906年），中央政府加強(qiáng)對(duì)新疆的統(tǒng)治。突厥、吐蕃等古代民族對(duì)新疆歷史進(jìn)程產(chǎn)生了重要影響。突厥是公元六世紀(jì)到八世紀(jì)活躍于中國(guó)西北和北方草原的古代游牧民族。公元552年突厥首領(lǐng)土門打敗柔然，以漠北（蒙古高原大沙漠以北地區(qū)）為中心建立了西至咸海、東抵大興安嶺、橫亙中亞的突厥汗國(guó)，統(tǒng)一了西域。583年突厥分裂為東西二部，為爭(zhēng)奪汗權(quán)爭(zhēng)斗不休，新疆屬西突厥。
隋朝統(tǒng)一中原，隋煬帝即位之初，就派遣吏部侍郎裴矩到張掖、武威主管與西域的互市，了解西域民情， 隋朝從突厥人手中奪取了西域東部，又滅吐谷渾，公元608年，隋軍進(jìn)駐伊吾，建筑城郭，設(shè)鄯善（今若羌）、且末（今且末西南）、伊吾（今哈密境內(nèi)）三郡。把行政區(qū)擴(kuò)大到今若羌、且末和青海湖西、興海縣東一帶。大業(yè)五年，煬帝巡幸河西，高昌王麴伯雅等27國(guó)首領(lǐng)使者，到張掖覲見，盛況空前。大業(yè)六年，設(shè)立鄯善（今若羌）、且末、伊吾三郡，在伊吾城之東北設(shè)柔遠(yuǎn)鎮(zhèn)。開始之后中原王朝經(jīng)營(yíng)西域。
唐朝時(shí)期參見：唐朝治疆歷史、安西都護(hù)府、北庭都護(hù)府、喀喇汗王朝、高昌回鶻、回鶻
公元七世紀(jì)初，唐朝代隋而興。公元630年，原屬西突厥的伊吾城（今哈密）主率所屬七城歸順唐朝，唐朝設(shè)西伊州（后改稱伊州）。
公元640年，唐朝發(fā)兵攻下了高昌城，于該地置西州，又于可汗浮圖城（今吉木薩爾）設(shè)庭州；同年在高昌設(shè)安西都護(hù)府，后遷至庫(kù)車，改置為安西大都護(hù)府。統(tǒng)安西四鎮(zhèn)：龜茲、疏勒、于闐、碎葉（今吉爾吉斯斯坦的托克馬克市），轄境相當(dāng)今新疆及哈薩克東部、吉爾吉斯北部楚河流域。自顯慶元年（656年）至麟德元年（664年），這期間，是武則天為皇后輔佐高宗到垂簾聽政階段。在之后的二十年間，唐軍發(fā)動(dòng)了對(duì)西突厥的一系列遠(yuǎn)征，唐高宗發(fā)大軍分南北兩道進(jìn)攻西突厥，一舉滅掉了西突厥，在657年西突厥徹底投降，西突厥領(lǐng)土全部為唐所有。顯慶、龍朔年間（661-663年），唐軍平定西突厥，轄區(qū)擴(kuò)大至今阿爾泰山西至咸海及蔥嶺的東西各部直至阿姆河兩岸城的諸城邦國(guó)包括今新疆大部分。670年安西四鎮(zhèn)被吐蕃攻占，693年武周再次占領(lǐng)。唐朝咸亨元年（670年），安西都護(hù)府治所移至碎葉城。
唐朝疆域時(shí)期的新疆
唐朝打敗西突厥后，統(tǒng)一了西域各地，公元702年，唐朝又在北庭（現(xiàn)吉木薩爾）設(shè)立了北庭都護(hù)府，管轄天山以北地區(qū)。后又升為北庭大都護(hù)府，管理天山北麓及新疆東部地區(qū)的軍政事務(wù)，而安西大都護(hù)府管理天山南部和蔥嶺以西的廣大地區(qū)。
吐蕃是藏族的祖先，六世紀(jì)末興起于青藏高原，占領(lǐng)青海后，開始與唐朝爭(zhēng)奪西域。唐朝中后期，吐蕃政權(quán)加緊了對(duì)西域的進(jìn)攻，一度占領(lǐng)了新疆大部分地區(qū)，由于回鶻汗國(guó)的西遷，866年吐蕃最終退出了西域。840年，回鶻由蒙古高原西遷而來，建立了以吐魯番為中心的西州回鶻政權(quán)和以喀什噶爾為中心的喀喇汗王朝，這兩個(gè)王朝與當(dāng)時(shí)的于闐王國(guó)共同組成了西域地區(qū)三個(gè)并立的政權(quán)。
安西都護(hù)府和北庭都護(hù)府
唐玄宗年間（公元712年—公元756年在位），唐朝又在兩大都護(hù)府之上設(shè)“磧西節(jié)度使”，是當(dāng)時(shí)全國(guó)八大節(jié)度使之一。
公元755年，中原地區(qū)爆發(fā)“安史之亂”（唐代安祿山、史思明發(fā)動(dòng)的叛亂），大批駐守西域的唐軍調(diào)往內(nèi)地，吐蕃乘機(jī)占領(lǐng)南疆及北疆部分地區(qū)。八世紀(jì)中葉，東、西突厥汗國(guó)相繼滅亡，其后裔融入了其他民族之中。
公元840年，大批回鶻人進(jìn)入新疆。回鶻，原稱回紇，是鐵勒（中國(guó)古族名）諸部之一。最初活動(dòng)于色楞格河和鄂爾渾河流域，后遷居土拉河北。公元744年，發(fā)展壯大了的回鶻于漠北建立政權(quán)，并兩次出兵幫助唐朝中央政權(quán)平息“安史之亂”。公元840年，回鶻汗國(guó)因自然災(zāi)害侵襲、統(tǒng)治集團(tuán)內(nèi)訌及黠戛斯（中國(guó)古族名）的進(jìn)攻等原因而崩潰，其部眾大部分向西遷徙。其中一支遷往今吉木薩爾和吐魯番地區(qū)，后建立高昌回鶻王國(guó)；還有一支遷往中亞草原，分布在中亞至喀什一帶，與葛邏祿、樣磨等民族一起建立了喀喇汗王朝。自此，塔里木盆地周圍地區(qū)受高昌回鶻王國(guó)和喀喇汗王朝統(tǒng)治，當(dāng)?shù)氐木用窈臀鬟w后的回鶻互相融合，這就為后來維吾爾族的形成奠定了基礎(chǔ)。
唐朝中央政府對(duì)西域各地實(shí)行的是藩漢分別管理制度，即在漢民集中居住的伊州、西州和庭州等地，行政上采用與內(nèi)地一樣的府、州、縣、鄉(xiāng)、里管理制度；經(jīng)濟(jì)上推行“均田制”（唐朝田制）與“租庸調(diào)制”（唐朝賦稅制度）；軍事上實(shí)行“府兵制”（唐朝軍事制度）。非漢民聚居區(qū)，則設(shè)置“羈縻府州”，即繼續(xù)維護(hù)當(dāng)?shù)乇久褡迨最I(lǐng)的行政管理制度，冠以唐朝都護(hù)、都督、州剌史的名號(hào)，允其以舊俗治理其部眾。
五代時(shí)期
參見：高昌、黑汗王朝、喀喇汗王朝、于闐
9世紀(jì)中葉后，吐蕃和回鶻都衰落下來，這一地區(qū)進(jìn)入混戰(zhàn)時(shí)期。9世紀(jì)之后的中原王朝無暇顧及西域，西域出現(xiàn)了幾個(gè)國(guó)家并列存在的局面。其中主要有高昌、黑汗王朝和于闐等地方政權(quán)。840年漠北回鶻汗國(guó)覆滅高昌與喀喇汗王朝后，由西遷西域的回鶻人匯同其他操突厥語(yǔ)諸族建立地方政權(quán)。于闐是古老的塞人居地。唐亡后，于闐尉遲王族執(zhí)政，與中原地區(qū)往來密切，因曾受過唐朝冊(cè)封而自稱李姓。
高昌回鶻王朝的王室寺廟遺址
九世紀(jì)末十世紀(jì)初，伊斯蘭教經(jīng)中亞傳入新疆南部地區(qū)。十世紀(jì)中葉，信仰伊斯蘭教的喀喇汗王朝發(fā)動(dòng)了對(duì)于闐佛教王國(guó)歷時(shí)四十余年的宗教戰(zhàn)爭(zhēng)，于十一世紀(jì)初滅亡于闐，把伊斯蘭教推行到和闐地區(qū)。十四世紀(jì)中葉起，在察合臺(tái)汗國(guó)（蒙古成吉思汗二子察合臺(tái)在西域建立的藩屬國(guó)）的強(qiáng)制推行下，伊斯蘭教逐漸成為察合臺(tái)汗國(guó)的蒙古人、維吾爾人、哈薩克人、柯爾克孜人、塔吉克人等信仰的主要宗教。十六世紀(jì)初，伊斯蘭教最終取代佛教成為新疆的主要宗教。
宋元時(shí)期
參見：西遼、察合臺(tái)汗國(guó)、葉爾羌汗國(guó)、窩闊臺(tái)汗國(guó)、察合臺(tái)汗國(guó)、準(zhǔn)噶爾汗國(guó)
兩宋時(shí)期黑汗王朝在10世紀(jì)和11世紀(jì)控制今新疆西部，同一時(shí)期回鶻的一支在新疆中部定居。
新疆出土的以宋朝傳奇故事題材為圖案的銅鏡
回鶻人落居西域及其建立的這些地方政權(quán)與中原王朝關(guān)系十分密切，喀喇汗王朝的統(tǒng)治者就自稱“桃花石汗”，意即“中國(guó)之汗”，表示自己是屬于中國(guó)的。1009年，占領(lǐng)于闐地區(qū)的喀喇汗王朝派出使臣向北宋進(jìn)獻(xiàn)方物。1063年，北宋冊(cè)封喀喇汗王朝可汗為“歸忠保順（本字無法顯示：“石+后”）鱗黑韓王”。北宋建立后第三年，高昌回鶻就派遣使者42人前往北宋進(jìn)貢方物。
于闐系塞人居地。唐朝以后，于闐尉遲王族執(zhí)政，與中原地區(qū)往來密切，因曾受過唐朝冊(cè)封而自稱李姓。公元938年，后晉高祖遣張匡鄴、高居誨出使于闐，封李圣天為“大寶于闐國(guó)王”。北宋初，于闐使臣、僧人向宋朝進(jìn)貢不斷。
西遼時(shí)期參見：西遼
1124年，遼朝皇族耶律大石率眾西遷，征服新疆地區(qū)， 在占據(jù)西州回鶻和黑汗國(guó)舊地后，向西擴(kuò)展到阿姆河流域。1132年先后征服了西州回鶻政權(quán)、喀喇汗王朝、闐王國(guó)三個(gè)地方政權(quán)，統(tǒng)一了西域建立建立西遼政權(quán)，一批契丹人（中國(guó)古族名）由此進(jìn)入新疆。西遼政權(quán)，一稱“喀喇契丹”，“喀喇”意為“黑”，故漢文又稱“黑契丹”。西遼成為中亞霸主后，當(dāng)?shù)乇姸嗖孔宄蔀槠涓接?。耶律大石仍沿用遼朝政治制度管理政事，倡行漢儒文化，篤信佛教，但是不排斥其他宗教，賦稅較輕。因而，這一時(shí)期，中原漢文化在中亞一度獲得光大，“契丹”這一名稱時(shí)至今日仍是中亞、西亞及歐洲部分語(yǔ)言稱呼中國(guó)的代名詞。
蒙元時(shí)期元朝時(shí)期成吉思汗完成對(duì)天山南北的政治統(tǒng)一。十三世紀(jì)初，成吉思汗率軍進(jìn)入新疆后，擊敗了西遼，統(tǒng)一了西域地區(qū)。把他征服的地方分封給其子孫。西域大部分地區(qū)為成吉思汗次子察合臺(tái)的封地即察合臺(tái)汗國(guó)。另外元朝在今伊犁河流域曾設(shè)置阿里麻里（阿力麻里）行省，但不久就并入察合臺(tái)汗國(guó)。又在阿姆河南岸曾設(shè)立行省，后并入伊利汗國(guó)。今烏魯木齊一帶曾設(shè)置別失八里行省，后一度被察合臺(tái)汗國(guó)占據(jù)，后期重新成為元朝的轄地。
成吉思汗西征下的新疆
回鶻人進(jìn)一步同化、融合了部分契丹人、蒙古人。1271年忽必烈建立了元朝，西域統(tǒng)歸元朝政府管理。
蒙古汗最初設(shè)立“達(dá)魯花赤”（蒙古官名，意為鎮(zhèn)守官）、“別失八里等處行尚書省”等軍政管理機(jī)構(gòu)，對(duì)西域進(jìn)行軍政管轄。元朝建立后，在發(fā)展西域各地社會(huì)經(jīng)濟(jì)的同時(shí)，在吐魯番地區(qū)設(shè)立提刑按察司，以后，又在吐魯番等地建立交鈔提舉司（印鈔機(jī)構(gòu)）和交鈔庫(kù)等機(jī)構(gòu)，設(shè)置“別失八里元帥府”以總管派往該地的“新附兵”（元朝以俘降的南宋士卒組成的軍隊(duì)）屯墾事務(wù)，派兵到和闐、且末等地屯田，在別失八里設(shè)立冶場(chǎng)“鼓鑄農(nóng)具”。在畏兀兒（元朝稱回鶻為“畏兀兒”）地區(qū)實(shí)行“計(jì)畝輸稅”。
明清時(shí)期
明朝時(shí)期參見：瓦剌、俄力思軍民元帥府、哈密衛(wèi)
14世紀(jì)下半葉，明朝建立時(shí)在西域處于退縮狀態(tài)，在今克什米爾東北和藏西設(shè)置俄力思軍民元帥府；1406年， 又設(shè)立哈密衛(wèi)，任用當(dāng)?shù)厥雷迨最I(lǐng)為各級(jí)官吏統(tǒng)轄當(dāng)?shù)剀娬乱?，維持商貿(mào)通道安全，對(duì)西域地區(qū)實(shí)施羈縻控制。
明朝疆域時(shí)期的新疆
而此時(shí)的西域地區(qū)并存東察合臺(tái)國(guó)、吐魯番王國(guó)、葉爾羌汗國(guó)、哈密王國(guó)、瓦刺汗國(guó)等政權(quán)，均為蒙古貴族后裔，其中以東察合臺(tái)國(guó)最為強(qiáng)大。明朝政府為了統(tǒng)轄西域管理，特在哈密設(shè)衛(wèi)，哈密衛(wèi)作為明朝政府管理西域地區(qū)的最高行政和軍事機(jī)構(gòu)起著一定的作用。
洪武三年（1370年）察合臺(tái)汗國(guó)滅亡后其后裔建別失八里，都城在別失八里（今吉木薩爾北破城子），永樂十六年（1418年）遷都亦力把里（今伊寧）。15世紀(jì)中葉，吐魯番部強(qiáng)大，1472年，哈密等衛(wèi)所一度被吐魯番攻破，諸衛(wèi)內(nèi)遷，后復(fù)，1514年再度被并，15世紀(jì)后半期后，西北諸衛(wèi)全部喪失，明朝最后放棄新疆，退守嘉峪關(guān)。明朝中葉，東察合臺(tái)汗國(guó)演變?yōu)槿~爾羌汗國(guó)。
瓦剌，是明代對(duì)漠西蒙古的總稱，初分布于葉尼塞河上游地區(qū)，后不斷向額爾齊斯河中游、伊犁河流域擴(kuò)展。十七世紀(jì)初，逐漸形成了準(zhǔn)噶爾、杜爾伯特、和碩特、土爾扈特四部。十七世紀(jì)七十年代，準(zhǔn)噶爾占據(jù)伊犁河流域，成為四部之主，并統(tǒng)治南疆。
清朝時(shí)期參見：和卓、清朝治疆歷史、回疆、準(zhǔn)噶爾、大小和卓叛亂
清朝初年，西域?yàn)槊晒艤?zhǔn)葛爾部所統(tǒng)治，其首領(lǐng)為噶爾丹，他利用武力兼并了蒙古和碩部和厄魯特部，并把土爾扈特部排擠到了俄國(guó)的伏爾加河流域。
清前期鞏固西北形式
18世紀(jì)初，準(zhǔn)葛爾貴族乘機(jī)作亂，乾隆皇帝于1755年派出平叛大軍，最后徹底消滅了準(zhǔn)葛爾汗國(guó)，統(tǒng)一了西域。乾隆帝把這片土地命名為“新疆”，取因“故土新歸”之意。
準(zhǔn)葛爾平定后，穆斯林教派的頭面人物伊敏和依沙克，史稱“大小和卓”于1757年又在庫(kù)車成立了“巴圖爾汗國(guó)”公開與清政府抗衡，分裂中國(guó)。1760年清政府派兵直搗大小和卓的大本營(yíng)葉爾羌和喀什噶爾，再次平定了這次叛亂，統(tǒng)一新疆。從此完全確立了清朝對(duì)新疆的穩(wěn)固統(tǒng)治，回部之前在準(zhǔn)噶爾暴力統(tǒng)治之下。而準(zhǔn)噶爾部被滅族也直接導(dǎo)致新疆及中亞部分完全伊斯蘭化。
1762年設(shè)立的“伊犁將軍”統(tǒng)一行使對(duì)天山南北各地的軍政管轄，官府駐地在“惠遠(yuǎn)城”（今霍城縣境），分設(shè)都統(tǒng)、參贊、辦事、領(lǐng)隊(duì)大臣管理各地軍政事務(wù)。清朝政府依據(jù)“因地制宜”、“因俗施治”的原則，對(duì)天山北部漢、回族居住區(qū)實(shí)行郡縣制管理；在伊犁地區(qū)和天山南部各地維吾爾族中維持當(dāng)?shù)氐摹安酥啤保遣耍ㄍ回收Z(yǔ)音譯，地方官吏稱號(hào)）的任免權(quán)歸于中央，并嚴(yán)格實(shí)行政教分離；對(duì)蒙古族和哈密、吐魯番地區(qū)的維吾爾族則實(shí)行“扎薩克（蒙古語(yǔ)音譯，意為支配者）制”，即冊(cè)封王、貝子、公等世襲爵位。清朝政府在官員的任用方面還采取了以滿族為主、各族官員并用的政策；經(jīng)濟(jì)方面，推行以農(nóng)業(yè)為主，農(nóng)牧并舉的經(jīng)濟(jì)措施，采取減輕賦稅，確定財(cái)政定額補(bǔ)貼制度等。清朝統(tǒng)治時(shí)期，新疆的社會(huì)經(jīng)濟(jì)得到了穩(wěn)步的發(fā)展。
