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做科研的小伙伴或多或少都熟悉DNA甲基化，R語言復(fù)雜的代碼和報錯往往會讓小伙伴怒砸鍵盤！今天，邊肖將分享一個人工制品，讓你輕松分析甲基化數(shù)據(jù)。當(dāng)然，如果有朋友對甲基化概念不太了解，可以在文末手工查看！

首先還是在首頁~依次有四個菜單:搜索、分析、瀏覽器、數(shù)據(jù)下載！

檢索

我們先看檢索方法，有三種:基因檢索、疾病檢索、高級檢索。

在基因搜索中直接輸入基因名稱，點擊“搜索”。

在結(jié)果中，我們可以檢查每個癌癥物種中相同基因的病例組和對照組之間的甲基化平均水平的差異。

單擊查看概況，查看基因序列和基因序列上的CpG、脫氧核糖核酸酶和轉(zhuǎn)錄因子的分布

在下拉頁面，可以增加或減少樣本，隱藏CpG、DNase、TFBS。

基因搜索的另一種方式是基因位點搜索，即輸入起始位點和終止位點。

第二種檢索方法是疾病檢索。我們檢查胃癌，輸入“TP53基因”，點擊提交。

我們可以檢查胃癌和對照組之間TP53基因表達(dá)的差異。

另外，輸出的是甲基化差異的熱圖。

第三種檢索方式是高級檢索，相當(dāng)于更精細(xì)的檢索條件。

分析

分析之前需要設(shè)置參數(shù)，比如“胃癌”“TP53”，以及平臺選擇的450K芯片。其他參數(shù)都是默認(rèn)的，也可以根據(jù)實際情況進(jìn)行更改。然后點擊“分析”。

跳轉(zhuǎn)到頁面后，檢查甲基化位點，點擊“分析”。

繼續(xù)點擊“分析”。

看看能做什么分析~差異分析，疾病基因關(guān)系，甲基化熱圖，生存分析，功能注釋。

看下圖，比較直觀明顯~

分析一：病例組和對照組甲基化差異的比較

分析二：疾病與基因的關(guān)系

分析三：甲基化差異的熱圖，可以直接下載

分析四：生存分析

點擊生存分析選項，提交后即可獲得胃癌中TP53基因表達(dá)差異的生存曲線

分析五：功能注釋

跳轉(zhuǎn)界面，大家應(yīng)該都很熟悉吧~DAVID，可以參考之前的推文:DAVID & amp；Metascape:一個專注于基因功能注釋和富集途徑分析的網(wǎng)站

瀏覽器

點擊“卸載瀏覽器”加載之前分析過的界面。

下拉后可以在這里添加樣品~

數(shù)據(jù)下載

最后是DiseaseMeth數(shù)據(jù)庫的下載功能，很酷。數(shù)據(jù)來自TCGA，GEO等數(shù)據(jù)庫，下載起來很人性化。

對于疾病數(shù)據(jù)庫的使用，用下圖總結(jié)一下~

芝士tip

DNA甲基化是DNA甲基轉(zhuǎn)移酶家族的酶催化的共價化學(xué)修飾，介導(dǎo)甲基(CH3)基團(tuán)加到胞嘧啶的第五個碳上。DNA甲基化通常發(fā)生在稱為CpG島的區(qū)域。許多研究表明，DNA甲基化可以引起染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性以及DNA與蛋白質(zhì)相互作用的改變，從而控制基因表達(dá)。許多研究報道，許多腫瘤抑制基因在癌癥預(yù)防中起著關(guān)鍵作用(DNA修復(fù)、細(xì)胞粘附、細(xì)胞周期控制和凋亡)，并且它們在致癌過程中被其啟動子的甲基化所沉默。

參考文獻(xiàn)