YAMAHA R6在2005年后迎來了2006年的大規(guī)模改組，這次改組從外觀到動力系統(tǒng)進(jìn)行了不同程度的升級。首次采用來自MOTOGP技術(shù)的YCC-T電子加速器控制系統(tǒng)，壓縮比提高到12.8，隨后配合最佳進(jìn)氣系統(tǒng)后的發(fā)動機(jī)，馬力從126匹提高到127匹，采用Deltabox框架進(jìn)一步提高了車輛操作。

除動力方面外，外觀也是此次升級的重大變化單位。雅馬哈R6的導(dǎo)罩、車燈、排氣等都升級為現(xiàn)代化的審美和時(shí)尚設(shè)計(jì)的造型。如果把2005年以前的雅馬哈R6和2006年以后的雅馬哈R6放在一起，就能清楚地看出他們的不同。

2007年，YAMAHA R6對外觀和性能沒有變化的主板進(jìn)行了升級。

時(shí)隔一年后，雅馬哈R6再次迎來了進(jìn)化，其發(fā)動機(jī)壓縮比達(dá)到了歷史最高值13: 1，馬力從127匹提高到了129匹。同時(shí)，車架、自行車三角設(shè)置、后搖臂、剎車盤等零部件都小幅上漲。外觀上，YAMAHA R6的排氣形狀發(fā)生了變化，前進(jìn)氣口的小燈從梯形變?yōu)槭中切螤睢?

2009年，YAMAHA R6對外觀和性能沒有變化的主板進(jìn)行了升級。

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2010年，YAMAHA R6的引擎系統(tǒng)進(jìn)行重新調(diào)整，馬力由129匹下降至124匹，雖然整體馬力有所下降，但是高轉(zhuǎn)速下動力有所上升。外觀方面，YAMAHA R6的排氣比先前車型更長，其余細(xì)節(jié)沒有發(fā)生改版。

2011年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，外觀與性能方面無任何改動。

YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了50周年紅白紀(jì)念款板花，外觀與性能方面無任何改動。

2013年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動。

2014年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動。

2015年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動。2015款YAMAHA R6的主要參數(shù)及圖賞：

2016年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并在美國還增加了黃色的紀(jì)念版車型。

紀(jì)念版車型：

YAHAMA R6從1999年發(fā)展至2015年，在這之間的16年中，YAMAHA R6迎來4次較大的改動，對比同級競品車型改動較少（2008年至2015年基本沒有實(shí)質(zhì)性的改變，只有排氣變得越來越長）。其原因無外乎兩點(diǎn)，一是雅馬哈認(rèn)為R6過于優(yōu)秀，無需改款也能與其余車型競爭；二是雅馬哈沒有認(rèn)真對待R6。但是從YAMAHA R6多年來的銷量與擁戴其車型的消費(fèi)者數(shù)量來看，前者的可能性會大一些。

總體來說，YAHAMA R6是一款十分激進(jìn)的仿賽車型，860mm的坐高相比大哥YAMAHA R1還要高出不好，高轉(zhuǎn)速發(fā)動機(jī)更是偏向賽道化調(diào)校，競技化的調(diào)校注定無法讓YAMAHA R6在街道舒適的騎行，但是來到賽道后，便是YAMAHA R6發(fā)揮真正實(shí)力的地方。在相同技術(shù)的條件下，YAMAHA R6與排量相差400cc的YAMAHA R1相比更加適合攻彎，如果在小型多彎的賽道中，YAMAHA R6未必會輸給YAMAHA R1。