光合作用過(guò)程中的物質(zhì)變化是二氧化碳和水轉(zhuǎn)化為有機(jī)物，同時(shí)釋放氧氣。
水在光反應(yīng)階段分解釋放氧氣，同時(shí)生成ATP和[H]。二氧化碳在暗反應(yīng)階段先與五碳化合物（C5）結(jié)合生成三碳化合物（C3），然后還原為有機(jī)物（CH2O），同時(shí)有五碳化合物和水生成。這些物質(zhì)的變化概括如下表：在光合作用過(guò)程中，先進(jìn)行光反應(yīng)，當(dāng)光反應(yīng)生成了[H]和ATP時(shí)，才進(jìn)行暗反應(yīng)。當(dāng)植物在黑暗中突然給以光照，植物體中的[H]和ATP就會(huì)突然上升，然后由于暗反應(yīng)消耗而下降。當(dāng)植物在光照下突然停止光照，光反應(yīng)立即停止，而暗反應(yīng)還要繼續(xù)一段時(shí)間，直到消耗完[H]和ATP為止。突然改變其中某一個(gè)反應(yīng)條件，[H]、ATP、C3、C5、有機(jī)物等的含量會(huì)發(fā)生相應(yīng)的變化。如下表：
分析這些物質(zhì)的變化，必須把光反應(yīng)與暗反應(yīng)聯(lián)系起來(lái)考慮（如下圖），同時(shí)分析該物質(zhì)的來(lái)源和去路，才能得出準(zhǔn)確的結(jié)論。如：突然停止光照、CO2供應(yīng)充足時(shí)，由于沒(méi)有光，沒(méi)有ATP生成，C3就不能被還原（沒(méi)有消耗）成有機(jī)物，但由于CO2充足，C5還繼續(xù)被消耗，同時(shí)生成C3。所以C3量上升，C5量下降。
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