抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)后，國共兩黨開始合作抗日。陜北紅軍主力改編為八路軍，南部八省紅軍游擊隊改編為新四軍。當(dāng)時新四軍沒有師編制，只有四個支隊和一個特務(wù)營。任命葉挺、為副軍長，張、、周子昆為副參謀長，袁、、鄧子恢為政治部副主任，全軍總兵力一萬余人。

新四軍成立不久，一人找到司令員葉挺，要求安排工作。沒想到，葉挺看到這個人后，犯了個錯誤，說:“你資歷太老，我安排不了?！蹦敲催@個人是誰呢？他就是朱。那么朱的資歷到底有多大呢？舉兩個例子大家就明白了。第一個例子是朱，他是一個老黨員，1922年加入我們黨。十大元帥中，只有朱先生是1922年入黨的，其他九位是在朱先生之后入黨的。

第二個例子，朱在大革命時期地位很高。1925年7月，朱從蘇聯(lián)留學(xué)回國，立即加入國民革命軍第三軍，擔(dān)任黨代表兼政治部主任。當(dāng)時是國共第一次合作時期，國民革命軍中的黨代表和軍長是一個級別，權(quán)力很大。當(dāng)時的三方面軍是由滇軍改編而來，戰(zhàn)斗力不強。朱上臺后，采取多種措施對這支軍隊進行嚴(yán)格訓(xùn)練，在短時間內(nèi)大大提高了第三軍團的戰(zhàn)斗力。

兩個月后，國民革命軍主力東進至陳炯明，朱培德第三軍留在廣州。海南盤踞的軍閥鄧本銀，在英國人的支持下走出江門，準(zhǔn)備一舉拿下廣州。但此時朱轉(zhuǎn)型后，三方面軍的戰(zhàn)斗力已經(jīng)不如從前。不僅守住了廣州，還變成了反攻。一路如火如荼，先后收復(fù)高州、雷州。1926年2月，三方面軍成功渡海，徹底殲滅了盤踞海南的鄧本寅殘部。

在此期間，朱表現(xiàn)出極高的軍事指揮能力，受到司令員的高度贊賞。一年多以后，國民革命軍開始北伐，朱、、率領(lǐng)三方面軍到達樂昌、萍鄉(xiāng)、南昌，表現(xiàn)出色。不久，出任江西省政府主席，朱任省政府秘書長。在他的極力推薦下，由三軍團軍官訓(xùn)練團團長朱德出任南昌市公安局局長，方志敏還主持了國民黨江西省黨部的工作。

南昌起義爆發(fā)后不久，朱也參加了起義。起義勝利后，軍隊重組為三支軍隊。朱為九軍代表，朱德為副司令。這時，朱的地位仍然高于朱老板。不久，起義部隊南下廣東，在潮汕地區(qū)被國民黨軍隊包圍，最后被打散，朱與組織失去了聯(lián)系。在隨后的十年里，他先后游歷了北京、廣西和江西。為了躲避國民黨的突襲，他使用了許多化名。為了謀生，他曾經(jīng)以教書為生。

抗日戰(zhàn)爭全面爆發(fā)后，國共兩黨開始合作抗日，國民黨特務(wù)停止搜尋朱。新四軍成立不久，朱得知消息后非常高興，前往新四軍與葉挺見面，要求安排工作。朱的要求讓葉挺為難。他的資歷太老了。他是南昌起義期間的軍事代表。如果要安排的話，至少要當(dāng)支隊長。但是現(xiàn)在已經(jīng)有四個師的大隊長了，葉挺已經(jīng)鬧了一段時間的困難。

沒想到，朱對說:“只要是有利于抗戰(zhàn)的，不管分配我做什么工作?！弊詈髶?dān)任新四軍政治部顧問兼直屬野戰(zhàn)軍團長。此后還先后擔(dān)任中央三師委員、浙西行署署長。抗戰(zhàn)勝利后，朱出任山東軍區(qū)聯(lián)絡(luò)部長、新四軍秘書長。解放戰(zhàn)爭爆發(fā)前夕，他被派往郝部擔(dān)任平叛工作。朱對郝很感興趣，勸他不要被當(dāng)槍使。

郝不是的嫡系，他的工資從來沒有按時交過。他對此極為不滿。經(jīng)過朱的勸說，郝率部投奔解放區(qū)，并改編為華中民主聯(lián)軍。為了加強對這支軍隊的改造，朱命令擔(dān)任這支軍隊的政治委員。內(nèi)戰(zhàn)全面爆發(fā)后不久，國軍大舉進攻山東解放區(qū)，派人去爭取郝鞠鵬。

郝是個搖擺人，一生反復(fù)無常，先后追隨馮玉祥、蔣介石和王的傀儡政府。這時，他看到蔣介石大權(quán)在握，又圖謀叛變。朱及時發(fā)現(xiàn)了郝的陰謀，并報告了山東軍區(qū)。陳毅以拜年黨的名義，邀請郝鞠鵬到山東軍區(qū)所在地臨沂，以示大義，告誡他不要出亂子。郝鞠鵬當(dāng)場痛哭，懇求戴罪立功。

經(jīng)過商議，陳毅決定再給郝鞠鵬一次機會。一九四七年一月，奉命隨郝離開臨沂，回到民主聯(lián)軍駐地?；氐侥暇┎痪?，郝叛逃到南京，把朱扣留，并把他送到南京討債。郝鞠鵬的舉動讓陳毅非常生氣，親自指揮部隊活捉了他。途中，郝鞠鵬試圖逃跑，被押送人員開槍打死。朱被派往南京后，親自勸他投降，遭到朱的拒絕。1947年10月，朱在南京英勇就義，終年52歲。