YAMAHA R6在2005年后迎來了2006年的大規(guī)模改組，這次改組從外觀到動(dòng)力系統(tǒng)進(jìn)行了不同程度的升級。

首次采用源自MOTOGP技術(shù)的YCC-T電子油門控制系統(tǒng)，配合壓縮比上升至12.8與優(yōu)化進(jìn)氣系統(tǒng)后的發(fā)動(dòng)機(jī)，馬力由126匹提升至127匹，同時(shí)采用了Deltabox車架，進(jìn)一步提升車輛的操控。

除動(dòng)力方面外，外觀也是此次升級的重大改變單元。YAMAHA R6的導(dǎo)流罩、大燈、排氣等均升級為更符合現(xiàn)代化審美，富有潮流化設(shè)計(jì)的造型。如果2005款以前的YAMAHA R6與2006款以后的YAMAHA R6放在一起的話，你可以明顯看出他們的區(qū)別。

2007年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，外觀與性能方面無任何改動(dòng)。

時(shí)隔一年后，YAMAHA R6再次迎來進(jìn)化，其發(fā)動(dòng)機(jī)壓縮比創(chuàng)下歷史新高提升至13：1，馬力由127匹提升至129匹。同時(shí)車架、騎行三角設(shè)定、后搖臂、剎車碟等部件均有小幅提升。外觀方面，YAMAHA R6的排氣形狀有所改變，前臉進(jìn)氣口的小燈由梯形更改為十字星形狀。

2009年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，外觀與性能方面無任何改動(dòng)。

2010年，YAMAHA R6的引擎系統(tǒng)進(jìn)行重新調(diào)整，馬力由129匹下降至124匹，雖然整體馬力有所下降，但是高轉(zhuǎn)速下動(dòng)力有所上升。外觀方面，YAMAHA R6的排氣比先前車型更長，其余細(xì)節(jié)沒有發(fā)生改版。

2011年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，外觀與性能方面無任何改動(dòng)。

YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了50周年紅白紀(jì)念款板花，外觀與性能方面無任何改動(dòng)。

2013年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動(dòng)。

2014年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動(dòng)。

2015年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并增加了藍(lán)色輪轂的配色，性能方面無任何改動(dòng)。2015款YAMAHA R6的主要參數(shù)及圖賞：

2016年，YAMAHA R6針對板花進(jìn)行升級，并在美國還增加了黃色的紀(jì)念版車型。

紀(jì)念版車型：

YAHAMA R6從1999年發(fā)展至2015年，在這之間的16年中，YAMAHA R6迎來4次較大的改動(dòng)，對比同級競品車型改動(dòng)較少（2008年至2015年基本沒有實(shí)質(zhì)性的改變，只有排氣變得越來越長）。其原因無外乎兩點(diǎn)，一是雅馬哈認(rèn)為R6過于優(yōu)秀，無需改款也能與其余車型競爭；二是雅馬哈沒有認(rèn)真對待R6。但是從YAMAHA R6多年來的銷量與擁戴其車型的消費(fèi)者數(shù)量來看，前者的可能性會大一些。

總體來說，YAHAMA R6是一款十分激進(jìn)的仿賽車型，860mm的坐高相比大哥YAMAHA R1還要高出不好，高轉(zhuǎn)速發(fā)動(dòng)機(jī)更是偏向賽道化調(diào)校，競技化的調(diào)校注定無法讓YAMAHA R6在街道舒適的騎行，但是來到賽道后，便是YAMAHA R6發(fā)揮真正實(shí)力的地方。在相同技術(shù)的條件下，YAMAHA R6與排量相差400cc的YAMAHA R1相比更加適合攻彎，如果在小型多彎的賽道中，YAMAHA R6未必會輸給YAMAHA R1。