公元317年4月6日(建興五年建武元年)，司馬藝勝帝開元，即陳悅(尚未開除)、開元建武、建立東晉、史稱東晉。

次年，晉愍帝死于漢國的訃告?zhèn)鞯浇瓥|，司馬睿才于4月26日即皇位（“上尊號”），改元太興。東晉據長江中下游以及淮河、珠江流域地區(qū)。

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晉元帝司馬睿(276年-323年1月3日)，字景文，河內溫縣(今河南省溫縣)人，東晉開國皇帝(318年-323年在位)。

太熙元年(290年)，襲封瑯邪王，參與討伐成都王司馬穎。作

戰(zhàn)失利后，離開洛陽，回到封國。

晉懷帝即位，拜安東將軍、都督揚州諸軍事。

后來，聽從王導建議，南渡建康，籠絡結交江左士族。

永嘉七年(313年)，拜丞相、大都督中外軍事。

永嘉之亂，晉愍帝被俘，西晉滅亡。

建興五年(317年)，在晉朝宗室與南北大族擁戴下，即位為晉王，年號建武。東晉建立，史稱東晉。

司馬睿即位后，因為在皇族中聲望不夠，勢單力薄，所以得不到南北士族的支持，皇位不穩(wěn)。

但是，他重用了王導。王導運用策略，使南方士族支持司馬睿，使北方南遷的士族也決意擁護司馬睿，穩(wěn)定了東晉政權，維持了偏安局面。

司馬睿十分感激王導，任他為宰相，執(zhí)掌朝政。

時人謂之"王與馬，共天下"。

司馬睿完全信任王導，叫他"仲父"，把他比作自己的"蕭何"。

王導也經常勸諫司馬?？思呵趦€，優(yōu)待南方，與人為善。

司馬睿和王導在草創(chuàng)期上演了一場君臣相敬相愛的佳話。

瑯琊王家也達到了權勢的高峰，除了王導擔任丞相，王敦控制著長江中游，兵強馬壯；四分之三的朝野官員是王家人的或者與王家相關的人。

另外，王家在南朝時期出了八位皇后。

但大權旁落引起司馬睿極大的不滿，他引用劉隗、刁協、戴淵等為心腹，試圖壓制王氏權勢。

永昌元年(322年)，素有野心的王敦以誅劉隗為名，在武昌起兵，直撲石頭城(即建康)。

王導為保全王氏家族利益，暗助王敦。

王敦攻入建康，殺戴淵等，劉隗投奔石勒。

司馬睿一敗涂地，無奈之下，司馬睿"脫戎衣，著朝服"對王敦說:"你如果想當皇帝，早和我說啊，我把皇位讓給你，還當我的瑯邪王去。何苦讓百姓跟著受苦呢?"

司馬睿近似哀求的話，并沒有撫平王敦的野心。

不久，王敦便自己為自己加官進爵，自封為丞相、都督中外諸軍、錄尚書事。

司馬睿征討王敦時，曾下令"有殺敦者，封五千戶侯"，而王敦卻把自己"封武昌郡公，邑萬戶"，無疑又將司馬睿嘲弄了一番。

司馬睿皇帝徒具虛名而已，朝中任何事情都由王敦做主。

王敦看到太子司馬紹有勇有謀，便想以不孝而廢之，后因百官皆不從而作罷。

四月，王敦還師武昌，遙控朝政。

此后，王敦更加猖狂，以至于司馬睿和他的朝廷成了擺設。

司馬睿見無法動搖王氏的權勢，自己名為天子，號令卻不出宮門，漸漸憂憤成病，臥床不起。

他想到大臣中只有司徒荀組對自己比較忠順，就任命他為太尉兼領太子太保，打算讓他參與朝政，鉗制王導。

不料司徒荀組受任不久就病死，司馬睿更加憂傷，病勢加重。

永昌元年閏十一月初十日(323年1月3日)，晉元帝憂憤病逝。

終年47歲，在位6年。

謚號元皇帝，廟號中宗，葬于建平陵(江蘇江寧)。

遺詔由太子司馬紹繼位。