朱元璋在1368年于南京稱帝，建立明朝之后，為了加強(qiáng)皇權(quán)，穩(wěn)固統(tǒng)治，借助胡惟庸一案，于洪武十三年，也就是1380年，廢除了中書省，罷免了宰相一職，將君權(quán)和相權(quán)集于一身，成為中國古代歷史上權(quán)力最大的皇帝之一。

同時，朱元璋還改革了中央和地方的官制，進(jìn)一步加強(qiáng)了中央集權(quán)。同時組建了錦衣衛(wèi)等特務(wù)組織，加強(qiáng)了對各級官僚的監(jiān)視和控制。經(jīng)過這一番的苦心經(jīng)營，朱元璋認(rèn)為自己創(chuàng)立的這套統(tǒng)治辦法達(dá)到了極致，非常完美，日后自己的子孫只要照著辦，就能保證朱家的天下萬無一失。因此，他立下祖訓(xùn)，嚴(yán)厲告誡以后的君臣，“往后的皇帝，不許再設(shè)置丞相，臣下有敢奏請設(shè)立者，論以極刑”。還將該祖訓(xùn)寫入《皇明祖訓(xùn)條章》，要子孫后代世世遵循，不得更改。

可是，朱元璋在兼任丞相職務(wù)工作了一段時間之后，發(fā)現(xiàn)每天的事務(wù)太多了，他一個人根本忙不過來。于是他在洪武十三年，也就是公元1380九月十九日，先是設(shè)立了四輔官，即春夏秋冬四官，幫助他處理政務(wù)。以儒士王本、杜佑、龔敩為春官，杜敩、趙民望、吳源為夏官；秋、冬官由春、夏官兼任。這樣過了一段時間之后，朱元璋發(fā)現(xiàn)還是有點(diǎn)忙不過來，于是在洪武十五年，也就是1382年，他干脆撤掉四輔官，仿照宋朝制度，設(shè)置華蓋殿、文華殿、武英殿、文淵閣和東閣等殿閣大學(xué)士，以禮部尚書邵質(zhì)、檢討吳伯宗、翰林學(xué)士宋訥、典籍吳沉分別為殿閣大學(xué)士。這樣一來，人員和機(jī)構(gòu)規(guī)模擴(kuò)大了，他的勞動強(qiáng)度也能減輕了。

按照朱元璋最初的設(shè)想，這些殿閣大學(xué)士只是幫助皇帝閱讀奏章，處理和起草文書，備為顧問而已，也就是相當(dāng)于皇帝的私人秘書。在處理國家事務(wù)的時候，這些人只有參謀權(quán)，最后決定權(quán)還是在皇帝自己的手里面。不過考慮到這個位置比較敏感，搞不好還是容易出問題。朱元璋又采取以小制大的策略，最初所選的殿閣大學(xué)士基本上都是以品級較低的編修、檢討、講讀之官充任，進(jìn)一步限制住了內(nèi)閣成員的權(quán)利和地位。因為這些人基本上都是在翰林院任職，所以內(nèi)閣大學(xué)士的組織關(guān)系以后也就都落在了翰林院之中。

內(nèi)閣制在朱元璋的時代，運(yùn)作的還是不錯，沒有出什么問題。等到了明成祖朱棣的時候，需要一次又一次的御駕親征北面草原的元朝殘余勢力，不能真正意義上的總攬政事，于是他就開始讓殿閣大學(xué)士參與機(jī)務(wù)。不過這時候，閣臣雖能參與機(jī)務(wù)，但品級還是低微，而且沒有屬官，不能壓制其它機(jī)構(gòu)。漸漸地，后面的皇帝有樣學(xué)樣，殿閣大學(xué)士的品級也越來越高，實(shí)權(quán)越來越大，逐漸成為有實(shí)無名的宰相。因為這些人在內(nèi)廷辦事，常侍于天子于殿閣之下，人們避免宰相之名就稱之為“內(nèi)閣”。

等到了仁宗、宣宗的當(dāng)朝時期，以尚書入閣兼大學(xué)士。這時候的閣臣品位尊崇，接近皇帝，裁決機(jī)宜，其權(quán)勢之重，宛若漢唐的宰輔，只是不居丞相之名而已。往后閣臣又分首輔、次輔，兩者權(quán)勢迥然不同，次輔對于首輔，唯唯諾諾而已。迨至世宗，也就是嘉靖皇帝時期的中葉，內(nèi)閣的權(quán)力更是超越明代前期，夏言、嚴(yán)嵩先后居首輔地位，專權(quán)用事，壓制百官，赫然成為真宰相，朱元璋的立法宗旨便被破壞無遺。

明朝萬歷年間著名首輔張居正