Shell是什么？

shell本身是一個(gè)命令解釋器，介于操作系統(tǒng)的內(nèi)核（kernel）和用戶之間，可以執(zhí)行系統(tǒng)調(diào)用及系統(tǒng)命令等，讓用戶以此來(lái)與操作系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)互動(dòng)。同時(shí)，它也用來(lái)指一種計(jì)算機(jī)程序語(yǔ)言（類似于C、Python等）。一個(gè)shell程序一般被稱為一個(gè)腳本。

Shell語(yǔ)言的流派

目前，shell主要有兩大流派：

sh:

burne shell (sh) burne again shell (bash)

csh:

c shell (csh) tc shell (tcsh) korn shell (ksh)

目前，大部分linux系統(tǒng)預(yù)設(shè)的shell都是bash。

Shell 編程概述

在 Linux 下有一門(mén)腳本語(yǔ)言叫做：Shell 腳本，這個(gè)腳本語(yǔ)言可以幫助我們簡(jiǎn)化很多工作，例如批量運(yùn)行一些命令等，所以還是很有必要學(xué)習(xí)它的基本用法的，一個(gè)簡(jiǎn)單的 hello.sh 腳本像下面這樣。

#!/bin/bash echo "Hello World!"

第一行 #!/bin/bash 標(biāo)識(shí)該 Shell 腳本由哪個(gè) Shell 解釋：/bin/bash。將上面的兩行內(nèi)容寫(xiě)到文件hello.sh中，就可以執(zhí)行了：

執(zhí)行shell腳本方法1：

#這樣可以省略第一行的：#!/bin/bashsh ./hello.sh

執(zhí)行shell腳本方法2：賦予權(quán)限才可以執(zhí)行：

# 賦予可執(zhí)行權(quán)限chmod a+x hello.sh# 執(zhí)行 文件的第一行必須指定執(zhí)行shell的路徑：#!/bin/bash./hello.sh# 結(jié)果Hello World!

Shell 變量

Shell 變量分為 3 種：

用戶自定義變量預(yù)定義變量環(huán)境變量

定義變量需要注意下面 2 點(diǎn)：

等號(hào)前后不要有空格：NUM=10一般變量名用大寫(xiě)：M=1

使用 $ 符號(hào)調(diào)用變量，例如：

VAR="Hello Shell!"echo $VAR

注意：變量定義直接給變量取名字，變量值如果字符串中有空格等特殊字符需要用引號(hào)引起來(lái)，這樣VAR變量中存儲(chǔ)了一個(gè)字符串，再次調(diào)用變量的值需要加符號(hào)：$VAR

1. 用戶自定義變量

支持字符串類型，浮點(diǎn)等類型，常見(jiàn)有這 3 個(gè)前綴：

unset：刪除變量readonly：標(biāo)記只讀變量export：指定全局變量

一個(gè)例子：

執(zhí)行./hello.sh 1 2 3 4 5 的結(jié)果：

運(yùn)行結(jié)果：

2. for 循環(huán)

這是一個(gè) for 循環(huán)基本使用例子，挺簡(jiǎn)單的，有點(diǎn)類似 Python：

3. while 循環(huán)

注意與 for 循環(huán)的區(qū)別：

運(yùn)行結(jié)果：

shell命令應(yīng)用：

其實(shí)我們打開(kāi)的linux的終端也是一個(gè)shell，上面很多命令不用存到文件中也可以直接在終端運(yùn)行；下面舉例shell編程的運(yùn)用；

1.利用循環(huán)批量生成命令，分別存儲(chǔ)到不同的文件：

#注意：命令寫(xiě)成一行的時(shí)候用 ; 分隔不同語(yǔ)句塊。for i in xaa xab xac xad xae xaf xag xah xai xaj xak xal xam xan;do echo "perl /share/work/huangls/piplines/01.script/kegg_update_get_anno.pl $i $i.anno $i.fa" >$i.sh;done