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截至2013年12月，學校擁有10所二級學院和43個專業(yè)
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學校擁有教育發(fā)展文化研究中心、機電研究所等科研機構，隸屬于牡丹江地區(qū)文化研究會，并參與成立牡丹江極地藝術研究會。
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截至2013年12月，學校擁有中央支持的重點建設專業(yè)2個，省政府支持的重點建設專業(yè)6個，省級精品課程5門。校內(nèi)實驗室和實訓基地104個，校外實訓基地125個。機電一體化、動畫設計制作、計算機信息安全存儲被教育部確定為國家骨干教師培訓基地。
學生在杭州國際動漫節(jié)、第十三屆全國高校機器人大賽、全國3D數(shù)字創(chuàng)新大賽、首屆全國速度記錄技能大賽、省物流技能大賽、首屆省動畫設計大賽、省大學生計算機應用作品大賽等國家和省技能大賽中獲得75項大獎。大型文化活動獲獎17項。2007年，牡丹江大學10個項目被評為黑龍江省教育廳財政支持項目。
中央政府支持重點建設專業(yè)
機電一體化技術，動畫設計制作
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