在《后妃入宮》中，甄嬛最終成為了太后。為了保護孩子，實現(xiàn)四弟李鴻的野心，甄嬛支持李鴻登基。李鴻把甄嬛尊為圣母院的太后。

大結(jié)局中，雍正病重，卻又一次懷疑洪武的來歷，暗中安排斷頭臺的徐霞偷洪武的血來求證真相。葉蘭義碰巧聽到這個消息，悄悄告訴甄嬛要早做防范。

甄嬛派蕭云子等人刺殺夏樹，葉蘭義和甄嬛聯(lián)手刺殺雍正，葉蘭義不斷給雍正慢性下毒，導(dǎo)致雍正不堪一擊。雍正死前，甄嬛把全部真相告訴了雍正，他對雍正活著很生氣。甄嬛親眼目睹了雍正之死，感到非常悲痛。

雍正死后，大臣們?yōu)樾禄实鄣腔鵂幷摬恍?。甄嬛果斷地拿出了支持四弟李鴻登基的遺詔。李鴻登基后，改名甘龍，甄嬛被認(rèn)為是圣母院的太后。整個甄嬛黨都變成了太妃。

成為太后后，甄嬛悄悄激怒了一休女王，并建議烏蘭娜拉綠櫻不要像一休一樣。綠櫻被甄嬛封為如意以示忠誠，甄嬛告訴新嬪妃們不要惹麻煩。

最后，甄嬛請求乾隆允許將紅劍收歸王國軍名下，以免乾隆擔(dān)心紅劍威脅皇位，對紅劍采取行動。乾隆同意了甄嬛的請求，并答應(yīng)好好孝敬甄嬛。