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途徑富集分析

近幾十年來，系統(tǒng)生物學逐漸進入研究者的視野，重點研究細胞信號轉(zhuǎn)導、基因調(diào)控網(wǎng)絡和生物系統(tǒng)組成。多組學聯(lián)合分析可以從外到內(nèi)分析直接原因和根本原因，深入解釋機理。在多組學的聯(lián)合應用中，最終要解決功能注釋和途徑富集分析，其中基于途徑富集分析的圖形顯示豐富多樣，通過這種分析可以找到與研究相關(guān)的途徑和關(guān)鍵基因/代謝產(chǎn)物，用于后續(xù)的數(shù)據(jù)挖掘。

富集分析的軟件很多。本文主要介紹集群Profiler，它是一個專門用于GO、KEGG和GSEA濃縮分析的R包。我們以代謝組學數(shù)據(jù)分析為例，分析KEGG途徑富集。

安裝:

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負載:

庫

Enricher是用于計算富集度的函數(shù)，其基本參數(shù)如下:基因指用于富集的差異代謝物ID；TERM2GENE是2列數(shù)據(jù)框，第一列是ko01230等途徑ID，第二列是標注到該途徑的代謝物ID，這個數(shù)據(jù)是背景集，即包含所有途徑標注的代謝物。TERM2NAME也是2列數(shù)據(jù)框，第一列是路徑ID，第二列是路徑的具體名稱。其他參數(shù)可參考官方文件。

查看輸入

頭部

# KEGG_ID代謝物_ID

#1 ko01230 meta4

#2 ko01230 meta20

#3 ko01230 meta23

標題

# KEEG_ID KEGG_name

#1 ko00010糖酵解/糖異生

#2 ko00020檸檬酸循環(huán)

head

#“元10”“元1017”“元1020”“元1024”“元1031”“元1034”

富集分析

#要顯示所有結(jié)果，請將p值設(shè)置為1

充實<。-enricher

#查看濃縮結(jié)果

因為該軟件最初用于基因分析，一些列名顯示基因

head

繪制柱形圖

條形圖

富集分析是多組學聯(lián)合分析的基礎(chǔ)?；诖耍酌}克可以實現(xiàn)三組學之間的聯(lián)合分析，一鍵繪制高質(zhì)量的圖片。

為了縮短分析周期，提高個性化挖掘時間空，百邁云柯提供了專業(yè)的信息分析平臺。最新的在線代謝組學云APP具有標準分析、聯(lián)合分析、個性化分析等功能，提供海量的在線資源和視頻。歡迎開始代謝組學的精準檢測，深入挖掘新時代！

代謝物、基因和菌群的相關(guān)熱圖

*是p

代謝物、基因和菌群的關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡圖

線條顏色表示正相關(guān)和負相關(guān)，線條粗細表示相關(guān)強度

代謝物、基因和菌群之間的共同國家評估圖

基因、菌群和起源之間的聯(lián)系以及代謝物組成的夾角表明了它們之間的相關(guān)性