生態(tài)系統(tǒng)中的物質(zhì)和能量是沿著食物鏈和食物網(wǎng)流動(dòng)的，物質(zhì)是指能和無機(jī)自然界進(jìn)行循環(huán)往復(fù)利用的有機(jī)物和無機(jī)物（主要是有機(jī)物）。在生態(tài)系統(tǒng)中，能量流動(dòng)和物質(zhì)循環(huán)是緊密地結(jié)合在一起同時(shí)進(jìn)行的。
生態(tài)系統(tǒng)中生物之間的最重要聯(lián)系是通過食物鏈和食物網(wǎng)聯(lián)成一個(gè)整體，所以食物鏈和食物網(wǎng)是生態(tài)系統(tǒng)中能量流動(dòng)和物質(zhì)循環(huán)的主渠道。
其中能量是指各種與生命活動(dòng)有關(guān)的能量形式，如:太陽(yáng)能，化學(xué)能等而物質(zhì)則是指各種元素物質(zhì)。
在生態(tài)系統(tǒng)中，組成生物體的C、H、O、N、P、S等化學(xué)元素，不斷進(jìn)行著從無機(jī)環(huán)境到生物群落，又從生物群落回到無機(jī)環(huán)境的循環(huán)過程，這就是生態(tài)系統(tǒng)的物質(zhì)循環(huán)。這里所說的生態(tài)系統(tǒng)，指的是地球上最大的生態(tài)系統(tǒng)——生物圈，其中的物質(zhì)循環(huán)帶有全球性，所以又叫生物地球化學(xué)循環(huán)。
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