特征是由兩條或兩條以上的多肽鏈組成。蛋白質(zhì)分子是由氨基酸首尾相連縮合而成的共價(jià)多肽鏈，但是天然蛋白質(zhì)分子并不是走向隨機(jī)的松散多肽鏈。每一種天然蛋白質(zhì)都有自己特有的空間結(jié)構(gòu)或稱三維結(jié)構(gòu)，這種三維結(jié)構(gòu)通常被稱為蛋白質(zhì)的構(gòu)象，即蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)。

具有二條或二條以上獨(dú)立三級結(jié)構(gòu)的多肽鏈組成的蛋白質(zhì)，其多肽鏈間通過次級鍵相互組合而形成的空間結(jié)構(gòu)稱為蛋白質(zhì)的四級結(jié)構(gòu)。其中，每個(gè)具有獨(dú)立三級結(jié)構(gòu)的多肽鏈單位稱為亞基。四級結(jié)構(gòu)實(shí)際上是指亞基的立體排布、相互作用及接觸部位的布局。亞基之間不含共價(jià)鍵，亞基間次級鍵的結(jié)合比二、三級結(jié)構(gòu)疏松，因此在一定的條件下，四級結(jié)構(gòu)的蛋白質(zhì)可分離為其組成的亞基，而亞基本身構(gòu)象仍可不變。

一種蛋白質(zhì)中，亞基結(jié)構(gòu)可以相同，也可不同。如煙草斑紋病毒的外殼蛋白是由2200個(gè)相同的亞基形成的多聚體；正常人血紅蛋白A是兩個(gè)α亞基與兩個(gè)β亞基形成的四聚體；天冬氨酸氨甲?；D(zhuǎn)移酶由六個(gè)調(diào)節(jié)亞基與六個(gè)催化亞基組成。

有人將具有全套不同亞基的最小單位稱為原聚體，如一個(gè)催化亞基與一個(gè)調(diào)節(jié)亞基結(jié)合成天冬氨酸氨甲?；D(zhuǎn)移酶的原聚體。

某些蛋白質(zhì)分子可進(jìn)一步聚合成聚合體。聚合體中的重復(fù)單位稱為單體，聚合體可按其中所含單體的數(shù)量不同而分為二聚體、三聚體……寡聚體和多聚體而存在，如胰島素在體內(nèi)可形成二聚體及六聚體。