解除螺旋公眾號，伴隨你的科學(xué)研究已經(jīng)是第2089天了。

有了這些工具，連節(jié)目都不做，連生信都可以做

隨著組織學(xué)研究的成熟和完善，生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化尤為重要！不會說r語言的小白該如何畫出絢麗多彩的生辰相關(guān)照片？今天班下將分享免費實用的生日數(shù)據(jù)可視化、模式圖、流程圖繪制神器！

在線神器的優(yōu)點包括：

1.免費不依賴計算機操作系統(tǒng)，無需安裝，只需一個瀏覽器即可獲得高質(zhì)量的圖形。

可以在沒有編程基礎(chǔ)的情況下閱讀和繪制說明。

可以繪制的圖像種類多種多樣，并且可以導(dǎo)出矢量圖形。

4.高效省時。

1 微生信在線生物信息學(xué)數(shù)據(jù)可視化

微生信目前能做文獻中常見的50多種生信相關(guān)矢量圖，其網(wǎng)址為： 。

微生信可以繪制多種圖形，界面左側(cè)顯示能作的圖形種類，右側(cè)是具體圖形：

微生信能夠作的生信圖形種類實在太多，我給大家舉幾個例子拋磚引玉！

（1）聚類熱圖

點擊聚類熱圖進入繪圖界面：

輸入數(shù)據(jù)，首行為group名字，第二行為樣品名字，其余為數(shù)據(jù)（其中第一列是基因名），設(shè)置圖像大小、字體大?。?/p>

設(shè)置聚類熱圖的其他參數(shù)，點擊提交即可得到漂亮的聚類熱圖：

得到的熱圖如下，保存圖片時默認svg矢量圖，在生成的圖上點擊鼠標右鍵，在彈出的窗口中選擇另存為（直接是svg格式文件，文件后綴不用改）：

（2）GO富集弦圖（GO chord plot）

GO富集弦圖是富集分析結(jié)果的一種常見展示圖形，R GOplot包可繪制GO富集弦圖。

打開GO富集弦圖繪圖模塊，輸入數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)包括3部分，第一列是基因，最后一列是logFC，即基因的變化倍數(shù)，用于排序及基因塊顏色（若沒有l(wèi)ogFC，程序會自動添加，基因色塊用灰色），其余列是GO term，其中1表示該基因在這個GO term中，0表示不在。

選擇按照gene排序，得到結(jié)果：

（3）火山圖（Volcano plot）

火山圖（Volcano plot）是經(jīng)常出現(xiàn)在芯片、測序等組學(xué)結(jié)果中用來展示差異表達的基因或蛋白的一種圖片類型，常與熱圖、韋恩圖（Venn diagram）等同時出現(xiàn)?；鹕綀D包含2個重要概念：顯著性與差異表達倍數(shù)。顯著性一般設(shè)置P<0.05，差異表達一般我們按照Fold Change(倍數(shù)變化)≥1.2或2倍作為標準。

點擊火山圖繪圖模塊：

輸入數(shù)據(jù)：

設(shè)置參數(shù)：

得到火山圖：

如果覺得微生信繪制的火山圖不夠美觀可以使用Origin軟件繪制火山圖。

進入Origin官網(wǎng) ，點擊APP，下載Volcano plot APP，下載鏈接：fileExchange/details.aspx?fid=296 。

打開Origin2018軟件，將下載好的APP點擊軟件最右側(cè)的Add APPs即可自動安裝，安裝好后在APPs下可見Volcano plot APP，使用插件繪圖即可。

（4）韋恩圖（Venn diagram）

韋恩圖（Venn diagram）是各類組學(xué)分析中的重要展示結(jié)果之一，可顯示各比較組之間共有和特有的基因或蛋白。

微生信中找到韋恩圖繪制模塊：

最多可以繪制6個組的韋恩圖，輸入數(shù)據(jù)與組名，點擊顏色正方形可以設(shè)置顏色：

上述操作完成后即可得到對應(yīng)的韋恩圖：

點擊韋恩圖上的數(shù)字可顯示對應(yīng)的元素，如點擊交集數(shù)字17：

微生信其他的繪圖功能等待大家的探索與使用！

2 聯(lián)川生物在線分析與繪圖

聯(lián)川生物在線繪圖網(wǎng)址： 。

分析包括主坐標分析、主成分分析、OTU氣泡圖與非度量多維尺度分析：

富集分析包括以下多種分析：

繪圖包括：

（1）繪制聚類熱圖

聯(lián)川生物云平臺對每種分析與繪圖功能有詳盡的使用方法解釋與說明：

上傳數(shù)據(jù)，設(shè)置參數(shù)即可得到聚類熱圖：

（2）GO富集因子圖

其他分析與繪圖功能大家可以自行根據(jù)說明去繪制！

3 在線繪制韋恩圖

超過6組的韋恩圖該如何繪制？韋恩圖的繪制還有其他一些好用的在線工具可以分享給大家！

（1）Venny 2.1繪制韋恩圖

Venny 2.1鏈接： 。

Venny 2.1最多可以繪制4組的韋恩圖，點擊數(shù)字可以查看結(jié)果，右擊可查看并保存繪制圖片：

Venny 2.1使用方法：

4個List輸入數(shù)據(jù)后選擇風(fēng)格（Style）、調(diào)整線寬（Line）、設(shè)置字體大?。‵ont），點擊數(shù)字可得到對應(yīng)的結(jié)果，例如點擊交集17可以導(dǎo)出交集：

（2）Draw venn diagram繪制韋恩圖

Venny 2.1的限制是最多繪制4組的韋恩圖，4組以上的韋恩圖繪制就無能為力了，而Draw venn diagram可最多可以計算30個List的韋恩圖。

Draw venn diagram鏈接： 。

Draw venn diagram的使用：

點擊Submit即可得到韋恩圖及各組共有或獨有的蛋白,保存圖片導(dǎo)出結(jié)果即可：

擴展：Origin繪制韋恩圖

Origin軟件也可便捷的繪制韋恩圖，APP store處下載APP，下載鏈接為：fileExchange/details.aspx?fid=425 。

輸入數(shù)據(jù)后進行美化導(dǎo)出圖片即可。

4 BioRender——高效在線模式圖繪制神器

一圖勝千言，醫(yī)學(xué)研究中模式圖與信號通路圖在呈現(xiàn)數(shù)據(jù)和溝通信息中存在非常重要的作用，好的模式圖不僅有助于吸引讀者的注意力還能效地解釋相關(guān)數(shù)據(jù)。

模式圖的繪制可謂是八仙過海各顯神通，有人使用PS，有人使用AI，還有人使用PPT。

但時間就是金錢，效率就是生命，半夏曾經(jīng)給大家分享一款秒殺PS、AI與PPT的高效模式圖繪制神器——BioRender，一起來簡要回顧一下！

BioRender鏈接： 。

BioRender包含Imuunology、Microbiology、Neuroscience等在內(nèi)的30多個生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)千個模板：

在線繪圖時使用郵箱注冊并登錄BioRender，Help Guide可以查看使用指南，My Gallery處可以選擇Start with a template（從模板開始），點擊See all template可查看所有模板：

后續(xù)使用即對模板與預(yù)設(shè)圖形的使用與調(diào)整，完成繪制后導(dǎo)出圖片即可。

Draw.io在線繪圖

Draw.io在線繪圖的優(yōu)勢是免費、無需安裝且適用于多種平臺，數(shù)據(jù)保存在云端，只需一個瀏覽器就能隨時隨地繪制精美的流程圖、思維導(dǎo)圖、圖表等。

Draw.io網(wǎng)址： 。

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打開Draw.io網(wǎng)址，右下角語言選擇簡體中文，界面如下：

選擇創(chuàng)建新圖表，Draw.io 內(nèi)置了很多圖表模版，可以按需創(chuàng)建：

打開一個商務(wù)模板，即可在現(xiàn)有模板上進行繪圖：

例如選中圖形可以更改其填充顏色、輸入文本與調(diào)整圖形等：

還有諸多圖像模板可供使用：

點擊左上角文件，可導(dǎo)出已繪制好圖片：

今天給大家分享使用在線繪圖工具就到此為止了，有了這些在線繪圖工具不會編程的小白也可以繪制出高質(zhì)量的生信圖片、模式圖與流程圖，希望對大家有所幫助！