在進行差異基因表達分析時，得到顯著的差異基因后，要分析該基因參與了哪些功能。通常有GO功能注釋和KEGG途徑濃縮分析。今天介紹在線分析工具的使用——DAVID和KOBAS 3.0。

DAVID是一個生物信息數(shù)據(jù)庫，其整合了生物學數(shù)據(jù)和分析工具，為大規(guī)模的基因或蛋白列表提供系統(tǒng)綜合的生物功能注釋信息，幫助用戶從中提取生物學信息。目前DAVID數(shù)據(jù)庫主要用于差異基因的功能和通路富集分析。
KOBAS是一個被廣泛用于基因/蛋白質(zhì)功能注釋和功能集富集的網(wǎng)頁版數(shù)據(jù)庫。使用者在給定一組基因或蛋白質(zhì)，該數(shù)據(jù)庫可以確定某些通路和基因本體論（GO）是否有統(tǒng)計學顯著性。
Step 1：打開網(wǎng)站，進入DAVID首頁，然后點擊Start Analysis；

Step 2：輸入所需要富集的顯著差異基因的基因名，并在select identifier中選擇official_gene_symbol，然后在List type中選擇gene list，最后點擊submit list；

Step 3：由于本次分析使用的是人類癌細胞，故在list和background中的物種都選擇homo sapiens，讀者可根據(jù)自己研究物種的類型進行選擇；

Step 4：由于KOBAS 3.0的輸入不支持gene symbol，所以使用者在使用前需將Symbol ID轉換成Entrez Gene ID（或者）ensembl格式的ID。

或者，也可使用gprofiler把基因ID進行轉換。
操作流程：
（1）上傳或者粘貼含有基因列表的數(shù)據(jù)
（2）選擇物種為homo sapines
（3）確定輸出格式為ENSG
（4）點擊RUN
（5）下載注釋后的數(shù)據(jù)：Export to CSV

Step 5：KOBAS注釋。打開KOBAS 3.0網(wǎng)站，點擊“gene-list enrichment”，根據(jù)研究對象類型，進行相應選擇。比如在這里，我們在“Type”里選中“Entrez Gene ID”，在“Species”選“Homo sapiens”，再把轉換后的ID復制黏貼進去：

選擇KEGG Pathway與GO，點擊Run；

得到富集結果如下：

最后，可用Cytoscape軟件把得到的KEGG通路和DEG數(shù)據(jù)做出可視化圖片，就能清晰看出兩者之間的關系。如下圖，我們可以發(fā)現(xiàn)哪些基因表達下調(diào)，哪些基因參與什么樣的通路等等。

圖片來自于
大家可參考以下這篇2011年中國學者們在《Nucleic Acids Research》發(fā)表的文章，它詳細介紹了KOBAS的使用。

GO與KEGG富集分析，往往同時出現(xiàn)在不同場合，DAVID其實就可以做GO與KEGG富集分析，但相比之下，KOBAS畫出的圖更賞心悅目，但KOBAS不支持直接輸入gene symbol ，所以我們常常聯(lián)合使用DAVID和KOBAS。