通過前面的研究，我們對SagA蛋白的同源序列、結(jié)構(gòu)和功能有了一定的了解。我們能不忍心做實(shí)驗(yàn)嗎？放心吧，我們再進(jìn)一步分析，讓論文內(nèi)容更豐富，畫面更美觀，預(yù)測功能更精準(zhǔn)，我們一定會痛打那些刻薄的審稿人！

1.PDB三維結(jié)構(gòu)檢索

網(wǎng)站:https://www.rcsb.org/.我們以前向你介紹過這個(gè)數(shù)據(jù)庫。可以參考蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)研究的介紹。你(我)都知道嗎？；源自35分自然分題兩個(gè)網(wǎng)站，全面實(shí)用?。蝗绾尾樵兊鞍踪|(zhì)數(shù)據(jù)庫的所有信息

該三維結(jié)構(gòu)圖可用于與其他功能相關(guān)蛋白的三維對比，也可用于后期的分子對接。三維結(jié)構(gòu)圖可以在幾分鐘內(nèi)讓張文變高。

一般來說，保守氨基酸越高，越有可能是功能位點(diǎn)，其突變對功能的影響越大；結(jié)合口袋是指蛋白質(zhì)與其他分子相互作用的區(qū)域，應(yīng)該包含功能位點(diǎn)，這對我們做分子對接非常重要。如上所述，我們可以看到SagA的第488位氨基酸His是高度保守的，其突變對功能的影響很大，所以我們推測它是蛋白質(zhì)作用的關(guān)鍵位點(diǎn)，這與文獻(xiàn)報(bào)道是一致的，所以如果你以后想成為功能缺失蛋白，突變這一點(diǎn)是可以的。

這里發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)可能的結(jié)合位點(diǎn)。我們來看第一個(gè)，它位于氨基酸149的位置，也顯示了蛋白質(zhì)中的三維圖形。

3.三大功能圖書館札記

我相信三個(gè)數(shù)據(jù)庫(KEGG/COG/EggNOG)的功能注釋對于做組學(xué)分析的同學(xué)來說是比較熟悉的。你沒看錯(cuò)，單個(gè)蛋白質(zhì)也可以做功能注釋。說到底，這三個(gè)功能數(shù)據(jù)庫是很多蛋白質(zhì)功能的集合，只要我們能從其中檢索到自己的蛋白質(zhì)，就能發(fā)現(xiàn)它們的功能。

3.1 https://www.genome.jp/tools/kaas/電力公司

搜索界面:

結(jié)果分為三個(gè)部分。

cog.txt

cog-class.txt

cog.raw

3.3蛋酒http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

結(jié)果只有一個(gè)文件，非常簡潔。也提示SagA具有水解肽聚糖的功能。

通常在做功能標(biāo)注的時(shí)候三個(gè)數(shù)據(jù)庫一起使用，使得結(jié)果更加準(zhǔn)確全面。

總結(jié):蛋白質(zhì)信息的分析通常涉及同源序列的查詢和比較(基礎(chǔ)部分)。蛋白質(zhì)的一級結(jié)構(gòu)包括信號肽、跨膜片段、保守結(jié)構(gòu)域分析(高級部分)、蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu)和功能分析(高級部分)。全部干貨都發(fā)給你了。趕緊上手。發(fā)什么樣的文章要看實(shí)驗(yàn)是怎么做的，做一些體外驗(yàn)證會得2-4分。也有可能把CNS發(fā)好。請參考這兩份文件:PMID: 31297099(微生物學(xué)前沿)和PMID: 27708039(科學(xué))。