今天有人問我，兩個公司一批樣品排序后，如何合并OTU表進行后續(xù)分析。
這個問題之前有幾個人問過，現(xiàn)在好像很多人都遇到過這個問題。本文就簡單回答一下，給出我的建議。
首先，不管是不是同一個測序公司，其實沒有兩個OTU表可以直接合并！原因很簡單:兩個OTU表中的每個OTU不一定對應(yīng)一個物種。涉及幾個因素:
1.嵌合體的識別和去除在每次操作中都會有細微的差異。
2.因為Uparse算法本身相對松散，所以從每次運行中獲得的OTU表會略有不同。剩下的算法都差不多。
3.每個OTU的代表性序列的選擇可能不同。
這導(dǎo)致相同的fasta文件運行兩次，結(jié)果不會完全相同，數(shù)據(jù)量越大，差異越大。
所以直接合并OTU表是沒有意義的，需要先和公司合并兩次fasta文件，才能得到OTU。
建議
可能一批數(shù)據(jù)在公司測試過幾次。我的建議是不要結(jié)合fasta文件來獲取OTU進行分析。
首先要做的是檢查不同批次之間是否有較大差異。
可以分組不同批次，先做PCA或DCA，看看批次是否明顯分離。
如果分離明顯，說明樣品本身可能發(fā)生了變化；或者公司的數(shù)據(jù)庫建設(shè)、測序平臺等因素對結(jié)果有很大影響。測序結(jié)果必須謹慎使用！
建議再測試一下~
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