氣候上，橫斷山脈受高空西風(fēng)環(huán)流、印度洋和太平洋季風(fēng)環(huán)流的影響。冬季干燥，夏季多雨，尤其是干濕季節(jié)。雨季一般在5月中旬至10月中旬，降水量占全年的85%以上，很多地區(qū)超過90%，主要集中在6、7、8月份。旱季為次年10月中旬至5月中旬，雨量少，日照長(zhǎng)，蒸發(fā)量大，空風(fēng)干。
橫斷山脈的氣候有明顯的垂直變化。高原年平均氣溫14 ~ 16℃，冷岳最高6 ~ 9℃，河谷年平均氣溫20℃以上。南北向的山體阻擋了西部水汽的進(jìn)入，如高黎貢山東坡的寶山，年降水量903 mm，年相對(duì)濕度70%，西坡的龍陵，年降水量2595 mm，年相對(duì)濕度83%。
橫斷山區(qū)的植被和土壤因氣候和地形而異，可分為:1 .邊緣熱帶季風(fēng)森林-紅壤帶。2.亞熱帶常綠闊葉林-紅壤、黃壤帶。3.暖溫帶和溫帶針葉林-棕壤和棕壤帶。4.寒溫帶亞高山森林草甸-暗褐色土壤和亞高山草甸土壤帶。“十里不同日”是指垂直方向不同高度的不同氣候類型。氣候類型的不同造就了所謂的“一山四季”。
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